Para realizar operaciones entre unidades de disco, se recomienda utilizar Mi PC o Explorador de Windows.

Al igual que en DOS, la capacidad de discos y disquetes se mide en Kb y sus múltiplos. La capacidad actual habitual de los disquetes es de 1 440 Kb o de 1,44 Mb. La capacidad actual de los discos duros oscila entre los 40 Gb y 1 Tb. La estructura física de un disco es de caras, pistas y sectores, mientras que la lógica es Boot, zona de directorios, FAT y zona de datos. Pero lo más importante de las unidades de disco es el sistema de archivos con el que trabajan. Las unidades 4 y 5 explican el sistema operativo DOS, en el que, dependiendo de la versión de FDISK con la que trabajemos, podemos seleccionar el tipo de sistema de archivos con el que deseamos dar formato a nuestro disco.

MS-DOS versión 6.22 sólo permite trabajar con particiones de hasta 2 Gb y con un sistema de archivos FAT16. Con las versiones de DOS que se incorporan a partir de Windows 95 OSR2, podemos gestionar indistintamente particiones superiores a 2 Gb y utilizar el sistema de archivos FAT16 o FAT32. A continuación se describen los sistemas de archivos que se pueden gestionar con las diferentes versiones de Windows, así como la compatibilidad entre ellos.

FAT16. Sistema de archivos habitual de MS-DOS versión 6.22 y de Windows 95. Con estas tres versiones de sistemas operativos se pueden gestionar particiones de hasta 2 Gb de disco. Se puede definir una partición extendida con un máximo recomendable de 4 unidades lógicas.Todas las versiones de Windows pueden gestionar este sistema de archivos y son compatibles con él. En FAT16, podemos instalar Windows 95 en cualquiera de sus versiones, Windows 98, Millennium.

La particularidad de este sistema de archivos es que cada unidad de disco será independiente de las demás; cada disco tendrá su propio sistema de archivos, su propia zona de datos, su FAT independiente, etcétera.
 
FAT32. Sistema de archivos que permite gestionar particiones superiores a 2 Gb, en teoría hata 2 Tb. Todas las versiones de Windows son compatibles con este sistema de archivos, a excepción de Windows 95 versión 0 y NT 4.0 en todas sus versiones.

Este sistema de archivos considera cada disco de forma independiente, al igual que FAT16.

NTFS. Sistema de archivos propio de Microsoft. Este sistema de archivos fue diseñado originalmente para las versiones de Windows NT. Actualmente se puede utilizar en las versiones de Windows 2000, XP y LongHorn. La particularidad que tiene es que con él se pueden gestionar particiones de disco de hasta 2 Hexabytes (1 Hb = 1 024 Gb).

La ventaja de este sistema de archivos es que puede considerar más de un disco duro como un único sistema de archivos (como UNIX). De esta forma, varios discos son o pueden ser considerados uno solo, al contrario de las versiones FAT. Más de un disco duro son considerados el mismo. El usuario no aprecia la diferencia, pero el sistema concatena los discos en un volumen considerado único para todo el espacio de almacenamiento. También se pueden definir varios volúmenes, si así lo desea el usuario.

Esta versión no es compatible con versiones de Windows 95, 98 y Millennium. Por ello, si queremos tener instaladas en un mismo disco duro dos versiones de Windows (operación totalmente compatible), tendremos que seleccionar FAT16 como sistema de archivos, ya que es el único compatible con todas las versiones, incluidas las versiones de DOS.