Cuando los niños comienzan a asistir al colegio, el comportamiento alimentario anormal inicia una notable mejoría por el tratamiento educacional que recibe. Otros factores, como el sexo, se relacionan con el trastorno alimentario. Aunque el autismo se da con mayor frecuencia en los niños, el trastorno en la conducta alimentaria se da más en las niñas. 

El trastorno alimentario del autista afecta a su nutrición, pero su nutrición también influye sobre el trastorno alimentario, creándose un círculo vicioso que da lugar a situaciones de desnutrición

Estudios recientes indican que algunas personas diagnosticadas de autismo presentan alergias (reacción excesiva del sistema inmunitario frente a sustancias consideradas por el organismo como extrañas y denominadas alérgenos) y específicamente alergias alimentarias. Entre las sustancias alimentarias que se han visto involucradas se encuentra la caseína, el gluten, azúcares y ciertos aditivos alimenticios. Al parecer, la base de estas intolerancias se encuentra en un defecto en el intestino; el aparato digestivo no es capaz de metabolizar algunas proteínas, dando lugar a un aumento de los péptidos(cadenas pequeñas de los aminoácidos) que pasarían al torrente sanguíneo y de aquí al cerebro. Algunas teorías sostienen que estos péptidos ejercen una actividad tal en el cerebro, que desorganizaría numerosas funciones del sistema nervioso central como la percepción, las emociones los comportamientos y el humor.

Si llega a comprobarse esta teoría, surgirían importantes aplicaciones clínicas, pues muchos niños podrían beneficiarse de dietas alimentarias y de tratamientos que modularan el sistema inmunitario

Las medidas nutricionales pueden ser de utilidad en las personas con autismo. Los pacientes que recibieron suplementos de vitamina B6 notaron mejoría, lo que supone una ayuda para ver el futuro con mayor optimismo. En el estudio que se realizó sólo los niños que fueron retirados de los complementos nutricionales mostraron un deterioro importante del comportamiento. Hay indicios que apuntan que los complementos de vitamina B 6 natural cambia las mediciones bioquímicas anormales de los niños autistas hacia características más normales, es decir, la vitamina B6 ayuda a normalizar la función de las células nerviosas en estos niños. Generalmente se agrega magnesio al tratamiento con vitamina B6, ya que esta lo disminuye, además también previene la irritabilidad, la hipersensibilidad al sonido y la enuresis que en ocasiones se da con la complementación nutricional de vitamina B 6. Las dosis recomendadas varían mucho de unos casos a otros y no hay que olvidar que una dosis muy alta de esta vitamina durante mucho tiempo puede provocar una afección de los nervios periféricos, por lo que sólo será prescrita por un médico especializado. La combinación de vitamina B6 natural y magnesio no cura el autismo, pero puede mejorar sus síntomas. La administración de magnesio y de calcio parece ser que hizo que muchos niños que practicaban la auto agresión, dejaran de hacerlo o disminuyera en gran medida. La utilización de magnesio puede provocar diarreas, por lo que de nuevo tiene que ser un médico especializado el que debe recomendar la terapia y la dosis adecuada. Otro nutriente que se ha visto que puede tener alguna utilidad es la vitamina C, ya que parece que atenúa los síntomas motores.

Con respecto a los aminoácidos, hay un aminoácido esencial conocido como triptófano que según investigaciones está involucrado en modular el comportamiento autista. Una dieta baja en triptófano puede hacer que los síntomas del autismo empeoren mucho.