Las serpientes tienen un par de riñones pequeños, alargados y asimétricos, situados en la región pelviana. Sin vejiga urinaria y, de cada riñón, sale un uréter que desemboca en la cloaca, cerca de la abertura anal. En los machos, los uréteres se unen a los tubos seminíferos.

En las hembras, también hay dos oviductos unidos a lo ureteres.

Los machos tienen un par de órganos copuladores eréctiles, llamados hemipenes.

Hemipenes de serpientes.

Existen serpientes ovíparas y en la incubación no interviene la madre, pues los oculta entre la hojarasca, grietas del terreno o en troncos podridos de árboles. Otras serpientes retienen los huevos en los oviductos y las crías salen vivos del vientre materno. Estas se denominan ovovivíparas.

Aparato urinario: Poseen dos riñones que se localizan en la región abdominal, situados dorsocaudalmente. El riñón derecho está situado en posición más craneal que el izquierdo. Están lobulados y presentan forma alargada. Los uréteres parten caudalmente desde los riñones hacia el urodeum de la cloaca, donde desembocan. No poseen vejiga urinaria.  

La porción más caudal del riñón presenta, en los machos, una modificación durante la época reproductiva, hay un aumento de tamaño, transformándose en el "segmento sexual ", cuya función es la de producir líquidos que van a formar parte del semen.

Aparato genital masculino: Presentan dos hemipenes situados en la base de la cola, a nivel ventral, permaneciendo invaginados en unas bolsas o estuches. Sólo se utiliza uno de los hemipenes durante la cópula, el cual se evagina de su bolsa y se introduce en la cloaca de la hembra. Por la cara externa de los hemipenes se localiza la fisura espermática, por donde el semen camina hasta ser eyaculado. Al alojar a los hemipenes, la base de la cola del macho suele ser más ancha y aplanada que la de la hembra.

Los testículos son redondeados, localizados intrabdominalmente, craneales a los riñones, cerca del páncreas, de la vesícula biliar y del bazo. El testículo derecho está situado más cranealmente que el izquierdo. Durante la época de reproducción, aumentan de tamaño. De los testículos salen, caudalmente, los conductos de Wolffian, que transportan el esperma hasta los hemipenes.    

 Aparato genital femenino: Los ovarios se localizan cerca del páncreas, cranealmente a los riñones. También el ovario derecho se encuentra en una situación más craneal respecto al izquierdo. La estructura suspensora que mantiene a los ovarios es el mesovario.