Este consta de fosas nasales, glotis, laringe, tráquea y uno o dos pulmones.

La glotis se abre en la boca y está ubicada un poco por encima y detrás del estuche lingual.

El aire penetra a través de dos fosas nasales situadas en el extremo rostral de la cabeza, para posteriormente pasar a través de la hendidura coanal (las serpientes no poseen un paladar completo).

La glotis se abre en el suelo de la boca, siendo fácil visualizarla. Puede desplazarse lateralmente para facilitar la respiración cuando el animal está alimentándose. El cartílago epiglótico puede presentar determinadas modificaciones en ciertas especies  para producir silbidos, que son utilizados como medidas disuasorias ante los depredadores. Cuando la boca permanece cerrada, la epiglotis encaja en un surco que existe en la maxila, donde cranealmente se observa la abertura del órgano de Jacobson. 
La tráquea presenta los anillos cartilaginosos incompletos, su porción ventral es rígida y el extremo dorsal es de naturaleza membranosa. Algunas serpientes presentan un "pulmón traqueal ", en el que la porción vascular del pulmón se extiende craneodorsalmente hacia la tráquea dorsal, llegando a ser, en ciertos casos, la única porción funcional del pulmón.

 Las serpientes sólo presentan el pulmón derecho desarrollado, estando el izquierdo ausente o de pequeño tamaño. El pulmón derecho se extiende desde el corazón hasta el extremo craneal del riñón derecho. Sólo la porción craneal del pulmón está vascularizada, por lo que en ella es donde se realiza el intercambio gaseoso. Los territorios caudales del pulmón no actúan en los procesos respiratorios, son meros sacos aéreos. Algunas serpientes acuáticas han sufrido adaptaciones al medio donde viven, su pulmón se extiende caudalmente hasta la cloaca, actuando como una estructura hidrostática.