La cavidad oral puede aumentar de tamaño para tragar grandes presas merced a la falta de fijación de los cuerpos de la mandíbula. Las serpientes no mastican a sus presas sino que las tragan enteras. Sus dientes, de los que poseen seis filas (cuatro superiores y dos inferiores), se utilizan para retener a la presa. Mención aparte merecen los colmillos para inyectar el veneno, son dientes que están atravesados, longitudinalmente, por un fino conducto, el cual comunica con las glándulas del veneno. Estas son glándulas labiales modificadas, cuyo contenido es rico en enzimas, que han evolucionado en ciertas familias de serpientes. Para humedecer la cavidad oral y lubricar a la presa para facilitar su deglución, se encuentran varias glándulas mucosas distribuidas por la boca (palatinas, linguales, sublinguales y labiales). La lengua está depositada en una vaina situada bajo la glotis y la epiglotis, presenta terminaciones nerviosas de tipo olfativo.

El esófago puede dilatarse para que por él pueda pasar una presa entera, ya que no se presentan barreras físicas que le impidan dilatarse (no hay cintura escapular, ni esternón). Se caracteriza por presentar una pared con escaso o nulo componente muscular, por lo que la presa avanza mediante movimientos de la musculatura axial. Sobre la mucosa esofágica se localizan tonsilas que actúan como barrera defensiva del sistema inmune ante posibles infecciones. Tampoco presenta un esfínter del cardias bien desarrollado.

 El estómago es alargado, formando un saco con gran capacidad de distensión. Su pared es de naturaleza muscular.

El intestino delgado está poco desarrollado y desemboca en el colon, el cual tiene capacidad para acumular heces durante un cierto periodo de tiempo. Booidea presenta un pequeño ciego que está situado proximamente al colon. 

El hígado es alargado, con forma de huso. Caudalmente a este, se sitúa la vesícula biliar que se localiza junto al páncreas y el bazo. Algunas especies pueden presentar un esplenopáncreas.