El corazón en las serpientes se encuentra entre el tercio anterior y el tercio medio del cuerpo, presenta tres cavidades: dos aurículas y un ventrículo, este último está parcialmente dividido por un tabique incompleto.

El corazón de las serpientes es el típico de los reptiles no crocodilianos. Está compuesto por tres cámaras (dos atrios y un ventrículo). Los atrios están separados por un septo atrial completo; el ventrículo presenta un canal interventricular. Funcionalmente existe una clara separación entre los circuitos de sangre oxigenada y desoxigenada. Del ventrículo salen dos aortas (derecha e izquierda): La aorta derecha sale del lado izquierdo del ventrículo y la aorta izquierda sale del lado derecho, posteriormente, caudal al corazón, se fusionan formando la aorta abdominal.

 Presenta un par de arterias carótidas y de venas yugulares que se localizan cranealmente al corazón, cerca de la tráquea. A nivel ventral del abdomen, por la línea media, circula la vena ventral abdominal.

El corazón presenta cierta movilidad, al no estar sujeto al diafragma (éste no existe en las serpientes), esto facilita el paso de la presa por el esófago. También existen variaciones en la localización del corazón atendiendo al hábitat que ocupe una determinada especie.

 Las serpientes poseen circulación porta renal y porta hepática, lo cual debe tenerse en cuenta a la hora de administrar determinados fármacos.