GMail tiene una peculiaridad que lo diferencia del resto de servicios de correo: Organización de tus mensajes.
Organización de los mensajes por tema
Hay muchas formas de organizar el correo. GMail, por defecto, te lo organiza por temas, es decir, si alguien contesta (o tu contestas) un mensaje que has recibido, te lo colocará como si fuera el mismo mensaje, por lo que de un vistazo tendrás toda la conversación.

Como podemos ver en la imagen, si hay muchos mensajes, aparecen el primer y último tema... por lo que, si pulsamos en la parte sin temas, se nos desplegará

De esta forma veremos todos los mensajes sobre ese tema de un vistazo, y marcándolo, se nos expandirá instantáneamente la conversación.
Organizar mensajes por Etiquetas
Otra de las peculiaridades de GMail es que no existen las carpetas tal y como se entendían en otros sistemas. Los mensajes están todos en un mismo lugar, lo único que tú puedes organizártelos por etiquetas.
Cuando un mensaje llega, lo primero que se le aplica es la etiqueta Inbox, que hace referencia a la Bandeja de Entrada. A parte de estas, existen etiquetas como Starred si queremos hacer seguimientos de un mensaje, o Trash, cuando enviamos un mensaje a la Papelera.
Las etiquetas se pueden gestionar desde el menú Settings que hay en la parte superior de la página.

Una vez allí, seleccionaremos la opción de Labels

Allí tendremos una lista de etiquetas que nosotros nos creemos, la opción de crear una etiqueta nueva, renombrarlas, eliminarlas (hay que tener en cuenta que eliminar la etiqueta no significa eliminar los mensajes que tengan esa etiqueta).
Cuando tengamos una lista de etiquetas creadas, nos aparecerá la lista en la parte iquierda de la pantalla, donde podremos seleccionar una y veremos todos los mensajes o pulsar en Edit Labels para ir a la sección anterior.
Una vez tengamos las etiquetas creadas, podemos clasificar nuestros mensajes... Para ello, iremos a la bandeja de entrada y seleccionaremos un mensaje

Una vez seleccionado, en la parte derecha tenemos un menú con todas nuestras etiquetas.

Seleccionaremos una de la etiquetas (se pueden aplicar varias etiquetas al mismo mensaje) y nos quedará de la siguiente manera.

De esta forma, cuando entremos en la Bandeja de entrada podremos observar los mensajes de una forma ordenada.
Marcar mensajes como Leidos o No Leidos
Puede darse el caso de que un mensaje lo queramos marcar como leido o no leido, independientemente del estado en el que esté.
Para ello, GMail nos ofrece una lista de Acciones que nos lo permitirá hacer. Lo que tenemos que hacer es seleccionar el mensaje que queramos, y seleccionar del menú de Acciones la opción Mark as Read (para marcar como Leido) o Mark as Unread (para marcar como No Leido).
Marcar mensajes para Seguimiento
Otra opción de la lista son los Seguimientos (Starred). Con esto, simplemente marcamos un tema para que esté destacado mientras lo decidamos.
Lo que debemos hacer es marcarlos o desmarcarlos con la estrella que hay delante del mensaje. También se puede hacer desde el menú de acciones con las opciones de Add star para añadirla o Remove star si queremos quitarla.

Además, los mensajes que tengamos marcados con una estrella, nos aparecerán en la carpeta Starred que hay en la parte izquierda de la pantalla.
Eliminar mensajes de correo no deseado (Anti SPAM)
Una de las carpetas de GMail es la llamada SPAM situada en el menú de la izquierda de la pantalla. Si entramos veremos allí mensajes de correo, en principio, que han pasado el filtro, y serán mensajes no deseados.
¿Qué hacer si tengo un mensaje de SPAM o de publicidad no deseada en mi bandeja de entrada?

Si hemos detectado un mensaje como el que tenemos aquí arriba, y queremos que mensajes similares no nos lleguen, podemos decirle a GMail que eso es un mensaje de SPAM. Para ello, simplemente marcaremos el mensaje y pulsaremos en el botón Report SPAM que hay en la parte superior de la lista de mensajes

Justo cuando pulsemos, el mensaje se irá directamente a la carpeta de SPAM
¿Qué hacer si tengo un mensaje que no es SPAM en la carpeta de SPAM?
Al igual que se puede marcar un mensaje como SPAM, podemos decirle al sistema que un mensaje no lo es. Para ello, iremos a la carpeta SPAM, seleccionaremos el mensaje en cuestión, y aplicaremos la misma técnica, en este caso, pulsando en el botón Not SPAM

En ese momento, el mensaje aparecerá en la Bandeja de Entrada
Archivar mensajes que no voy a leer más
Si crees que ya un tema no lo vas a tener que leer más, y lo quieres guardar, se pueden Archivar los mensajes.
Es quizá una opción que no aplicaremos hasta que ya no nos quepan mas mensajes en la bandeja de entrada, pero que nos será útil.
El sistema es tan simple como el de seleccionar los mensajes que ya no vamos a utilizar más y aplicarles el botón Archive que hay en la parte superior.

¿Dónde van los mensajes? ¿Cómo puedo conultarlos?
En la lista de opciones que hay a la izquierda de la pantalla, existe una opción llamada All mail donde encontraremos TODO el correo que tenemos (exceptuando el que hay marcado como SPAM o en la Papelera), es decir, todo el correo que hemos recibido, y el que hemos enviado. Una vez allí, desde el menú de acciones, o aplicándole unas etiquetas, podremos hacer que vuelva a la bandeja de entrada.