Esta función es similar a la de una cámara. Si se activa, le decimos al escáner que ajuste automáticamente la exposición del área seleccionada para escanear. Esta opción no regula ningún obturador ni diafragma del sistema óptico del escáner. En la inmensa mayoría de modelos, ni siquiera regula la cantidad de luz de la fuente, sino que es un simple ajuste de niveles, como el que hace Photoshop al entrar en el ajuste de niveles cuando se pulsa el botón Automático....
Personalmente prefiero desactivarla, porque me gusta hacer este ajuste manualmente, sobre todo con escáneres como los Nikon, en los que no es posible ver el el ajuste de exposición absoluto, sino que se vuelve relativo al ajuste que acaba de efectuar el automatismo. Con los Epson, en cambio, siempre se ve el ajuste absoluto y cuando esta opción está activa simplemente sitúa los deslizadores (del ajuste de niveles) a una posición concreta para conseguir un buen resultado.

En general la autoexposición suele funcionar bien y como punto de partida es un buen comienzo, aunque se puede mejorar. En la siguiente fotografía se puede apreciar cómo se deja notar:

Sin autoexposición
 

Con autoexposición
 

Básicamente, lo que hace la autoexposición es ajustar tanto los límites de la gama tonal como los semitonos (ver Glosario). He utilizado como ejemplo una diapositiva muy antigua (tiene más de 25 años) que está descolorida, mal expuesta y con una tonalidad claramente rojiza. Todo ello, expresamente para mostrar cómo responde un ajuste automático ante un original difícil.

Semitonos: Se refiere a todos aquellos valores tonales comprendidos entre los extremos del rango delimitado por la profundidad de color. Con 8 bits/canal son todos los valores entre 1 y 254, ambos inclusive.