En las Tablas, la enorme biomasa vegetal que producen anualmente el carrizo y la masiega se descompone gracias a las bacterias que viven en el agua y en el sedimento del fondo. Entre las bacterias podemos encontrar bacterias del metano, bacterias reductoras del sulfato, bacterias del nitrato y del amonio, del carbono,...su número oscila entre 2000 y 6000 millones de bacterias por litro de agua. Las algas son otro grupo que aparece en grandes cantidades, más de 185 especies registradas repartidas formando el fitoplancton y las de carácter bentónico, entre estas ultimas destacando las filamentosas que se desarrollan en grandes cantidades y que se pueden observar en la superficie flotando gracias a que el oxigeno producido en la fotosíntesis las hace flotar. Destacan en número las diatomeas

Entre los animales microscópicos, destacan protozoos, rotíferos crustáceos copépodos, cladóceros (pulgas de agua) y gusanos oliquetos que fundamentalmente forman el zooplancton. También pueden aparecer esponjas e hidras. Hay gran cantidad de rotíferos.