El agua es lo que le proporciona la riqueza al parque, tanto por su cantidad como por su calidad. Tanto la triplicación de su uso para el riego como los intensos periodos de sequía de los últimos años han provocado una disminución de la misma afectando negativamente al parque, ya que ha desaparecido las aportaciones subterráneas generando un déficit importante afectando no solo al caudal suministrado sino también a la infiltración, a la evaporación, escorrentía superficial y transpiración.

Las tablas se forman en la zona de confluencia de 2 ríos, que al situarse en una suave depresión del terreno y sobre calizas, las cuales actúan como una esponja permitiendo el encharcamiento, dan lugar a una amplia laguna fluvial, inundada con aportes de agua subterránea, procedentes de la descarga de la Llanura Manchega. La característica principal de este sistema hidrológico es que con pequeños volúmenes de agua se consiguen grandes extensiones de terreno inundado. Existen aportes d e2 fuentes distintas: fluvial y subterránea (que configuran el 70% del aporte total), lo que  genera que las aguas tengan una composición química muy peculiar elevando así la diversidad biológica del parque. la red hidrográfica principal la forman los ríos Azuer, Gigüela, Záncara y alto Guadiana y el acuífero 23 (acuífero de la Llanura Manchega Occidental).

Con objeto de paliar la falta de aportaciones de agua a las Tablas se elaboró en los 80 el Plan de Regeneración Hídrica que presenta diversas actuaciones, que posteriormente se detallaran, al igual que otras medidas puestas en marcha.

Respecto a la calidad, también ha empeorado en los últimos años aumentando los niveles de eutrofia que ha conllevado una proliferación masiva de algas y plantas superiores emergentes, aumentando así la cantidad de materia orgánica, hecho que implica un mayor consumo de oxigeno. De este modo, el contenido  de oxigeno en el agua disminuye y limita la vida de muchos organismos.