Para analizar el sistema de gobierno de las mutuas españolas debemos referirnos al capítulo IV del citado Real Decreto 1993/1995, de 7 de diciembre, por el que se aprueba el Reglamento sobre colaboración de las Mutuas de Accidentes de Trabajo y Enfermedades Profesionales de la Seguridad Social, que regula en sus artículos 32 y siguientes sus órganos de gobierno y de participación, y que confiere la totalidad de las funciones de gobierno de la entidad a las empresas asociadas.

Así, establece  que "los órganos colegiados de gobierno de las Mutuas serán la Junta general y la Junta directiva.". Y establece, por un lado, que "la Junta general es el superior órgano de gobierno de la entidad, estando integrada por todos sus asociados,...", y por otro, que "la Junta directiva se compondrá del número de asociados que se señale en los estatutos,...", para concluir que "La Junta general designará a los asociados que hayan de constituir la Junta directiva.".  El esquema de los órganos  de gobierno se completa con la figura del  Director Gerente. Así, conforme al artículo 35, "la Junta directiva, bajo su vigilancia y sin perjuicio de su responsabilidad y de acuerdo con lo establecido en los estatutos, designará un Director Gerente,...".

Estos órganos detentan todas las funciones de gobierno de la entidad, que se distribuyen entre la Junta general y la Junta directiva en los artículos 33 y 34. Así, según el primero de ellos, "la Junta general es la competente para conocer de aquellos asuntos que le atribuyan los estatutos y, en todo caso, de los siguientes: 1.º Designación y remoción de los asociados que hayan de constituir la Junta directiva. 2.º Aprobación, a propuesta de la Junta directiva, que deberá ser suscrita por cada uno de los miembros de ésta, de los anteproyectos de presupuestos y cuentas anuales. 3.º Reforma de los estatutos. 4.º Fusión, absorción y disolución. 5.º Designación de los liquidadores, salvo en el supuesto previsto en el artículo 40.2. 6.º Exigencia de responsabilidad a los miembros de la Junta directiva en los supuestos previstos en el artículo 34.9.". Y, según el artículo 34, "la Junta directiva, sin perjuicio de lo dispuesto en el artículo 35.1, tendrá a su cargo el gobierno directo e inmediato de la entidad, correspondiéndole la convocatoria de la Junta general y la ejecución de los acuerdos adoptados por la misma, así como las demás funciones que se establezcan en los estatutos,...".

La participación de los trabajadores de las empresas asociadas se regula en el artículo 37, referido a la Comisión de control y seguimiento. De acuerdo con el citado precepto, "del número de miembros de cada Comisión de control y seguimiento corresponderá la mitad a la representación de los trabajadores protegidos por la Mutua, a través de las organizaciones sindicales más representativas en el ámbito territorial de actuación de la entidad, y la otra mitad a la representación de los empresarios asociados a aquélla, elegidos a través de las organizaciones empresariales de mayor representatividad. Será presidente de la Comisión de control y seguimiento el que en cada momento lo sea de la propia Mutua.".

Y las funciones de la citada Comisión de control y seguimiento se recogen en el mismo artículo, referidas a "a) Conocer los criterios de actuación de la Mutua. b) Participar en la elaboración del anteproyecto de presupuestos de la Mutua. c) Informar el proyecto de memoria anual, previo a su remisión a la Junta general. d) Tener conocimiento previo de las propuestas de nombramiento del Director Gerente. e) Tener conocimiento y ser informada de la gestión llevada a cabo por la entidad. f) Proponer cuantas medidas se estimen necesarias para el mejor cumplimiento de los fines de la Mutua, en el marco de los objetivos generales de la Seguridad Social. g) En general, poder solicitar cuanta información genérica se precise respecto a la gestión realizada por la entidad.". De este modo, la norma otorga a los representantes de los trabajadores de las empresas asociadas meras funciones de información y conocimiento, y reserva como vimos a las empresas asociadas la totalidad de las funciones de gobierno de la entidad.

A este modelo de gestión puramente patronal se contrapone el modelo paritario de las Berufsgenossenschaften alemanas, que se gobiernan por las propias empresas afiliadas y por los trabajadores asegurados sobre la base de la paridad.  De acuerdo con este modelo paritario, existe una asamblea general y un comité de dirección constituidos a partes iguales por representantes de los empresarios y de los trabajadores. Y cada seis años se celebran elecciones para constituir los respectivos grupos de representantes en la asamblea general, cuyos miembros eligen a su vez a los del comité de dirección. 

Las repercusiones de la elección de uno u otro modelo de gobierno de las mutuas en el campo de la salud y seguridad en el trabajo son variadas, complejas e interconectadas con los otros elementos diferenciales que estudiaremos a continuación, como son el tipo de empresas que constituyen una mutua y el modo en que asumen la actividad preventiva.