La etapa posterior, que se podría fechar desde la muerte de Juan, hasta el edicto del emperador romano Constantino (313 d.C) Esta etapa esta signada por la persecución por parte de los distintos emperadores romanos contra la iglesia.

Constantino, pretendiente al trono imperial, se convierte al cristianismo en plena campaña bélica y vence a su rival, Magencio, en la batalla en el Puente Milvio (312 d.C) y el nuevo emperador atribuye su victoria a la ayuda del Dios de los cristianos.

En el año 313 d.c se expide el Edicto de Tolerancia donde concedía a los cristianos el libre ejercicio del culto.

(Algunas personalidades cristianas de esta etapa de transición fueron: Simeón, obispo de la iglesia de Jerusalén, martirizado en 107 d.C. Ignacio, obispo de Antioquia de Siria. Policarpo, obispo de Esmirna, y Justino Mártir, martirizado en Roma en 166 d.C)

Mientras la iglesia sufría persecución también surgieron entre sus filas aquellos que se apartaban de las enseñanzas básicas de los apóstoles. Uno de estos movimientos fueron los "gnósticos" de origen griego y carácter místico, otros fueron los "ebionitas", de origen judío, los "maniqueos", creencia  de origen persa, los "montanistas", que reclamaban volver a la sencillez de los primeros cristianos; No toda la iglesia rechazo sus ideas, pues Tertuliano, apologista del cristianismo, escribió en defensa de ellos, y algunos siglos más tarde Juan Wesley los reivindicó.