El trazado urbanístico tenía un esquema fijo, se construía en damero con una gran plaza central, enla que se ubicaban los edificios más importantes, la iglesia, la escuela, el cementerio, las viviendas de los padres, el asilo de huérfanos, viudas y otros. En la plaza se erigía una gran cruz o la estatua de la Virgen o el Santo patrono de la ciudad. En el lado contrario a la iglesia estaban las viviendas de los indios, que partían de la laza en líneas paralelas hacia la periferia. Este diseño permitía una gran ventilación y alejaba el peligro de epidemias.
Para protegerse del sol o la lluvia se construyeron las galerías que estaban elevadas del suelo alrededor de un metro,  cubiertas de madera o piedra, que corrían de una casa a otro ininterrumpidamente.

Las casas de los indios eran todas exactamente iguales, construidas en grupos de seis u ocho con madera y ladrillos raras veces emplean la piedra, pues no disponían de este material, los jesuitas prestan una especial atención a la casa por razones higiénico-sociales  y étnico-religiosas. Los guaraníes estaban acostumbrados a vivir hacinados, los misioneros intentan acostumbrarlos a ambientes utilizables por una sola familia y luchan por erradicar la poligamia y la sodomía. Existían servicios públicos, molino, honor, cocinas populares, graneros, almacenes fundiciones y en algunos casos, talleres tipográficos.
 
Un sistema de conducción del agua abastecía fuentes y cisternas, e irrigaba los campos.