Los indios del Chaco,  que durante mucho tiempo amenazaron las ciudades y las estancias parguayas, correntinas y santafesinas, también merecieron atención misonal y la formación de reducciones religiosas.
Después de algunos intentos frustrados, la evangelización de los jesuitas pudo concretas en esa región algunos acuerdos con los mocovíes y los abipotes del Chaco austral oriental. Apoyados inicialmente en esa frágil alianza y Copn el auxilio más o menos aleatorio de las ciudades de la comarca, se dio comienzo a una serie de fundaciones.

Ellas fueron S. Francisco Javier 1743, y S. Pedro 1765, de indios mocovíes y las de S. Jerónimo 1748, Concepción 1749, S. Fernando 1750, y S. Carlos y Rosario del Timbó 1763 de indios abipones.
Al mismo tiempo, en la frontera oeste del Chaco, los jesuitas llevaron a cabo una política de reducciones semejante.

Eran estos indios nómadas, cazadores y guerreros , cuyo agrupamiento en pueblos permanente nunca se logró de modo definitivo. Aunque tuvieron estancias para su abastecimiento y no conocieron el régimen de encomiendas, su ethos bélico los llevó a enfrentamientos interétnicos y el control que los misiones tuvieron sobre ellos no fue comparable al de los guaraníes.

La rica colección de dibujos del padre Florian Paucke sobre la misión de S. Francisco Javier ilustra adecuadamente la sencilla fisonomía urbana de dichos pueblos que nunca alojaron poblaciones muy numerosas. La expulsión  de los jesuitas puso fin temprano a esta experiencia, y durante un tiempo los pueblos quedaron a su suerte de ellos, varios se despoblaron y desaparecieron, mientras otros perduraron en difícil situación.

Recién finalizado el siglo XVIII, con la activa participación de los frailes franciscanos del convento de Santa Fe, llamado San Carlos, en San Lorenzo, se pudo trazar una acción orgánica y reconstruir algunos de aquellos pueblos. Planos y testimonios de aquella época documentan la forma de aquellas reducciones.

También hubo otras iniciativas que provinieron del Tucumán y que fueron canalizadas por el canónigo Lorenzo Suárez de Cantillana y el coronel Francisco Arias Hidalgo y que permitieron fundar en el Chaco y en 1780, las reducciones de N.S. De los Dolores y Santigo de Cangayé, de indios mocovíes y s. Bernardo de Vértiz, de indios tobas. No tuvieron bastante arraigo y en 1793 ya había sido abandonas por los indios , que emigraron a las costas del río Paraguay.
 
A su vez, y desde Asunción, también se hicieronalgunos intentos tardíos. Entre los pueblos de indios fundados a fines del siglo XVIII se cuentan S. Antonio 1778, de todas, Naranjay 1782, también de tobas, Melodía 1786 de indios lenguas, machicuis y enimagás y S. Juan Nepomuceno 1797, de indios caravanas, así como algunos otros ene l alto Paraguay.

De ellos, pese a su precaria estructura, se conservan algunos testimonios de su organización urbana.

Los pueblos de indios como comunidades diferenciadas según el modelo de legislación española, constituyeron una realidad urbana de significativa importancia, tanto por su número como por el porte y nivel de organización que alcanzarano en ciertos casos. Si bien no todos subsistieron, han dejado una impronta muy clara en la vida colonial del Río de la Plata.

Todavía en el siglo XIX y principios S. XX, se siguieron fundando misiones para indios, generalmente bajola tutela franciscana y en algunos casos, con administración laica y estatal.
Sus estructuras urbanas en Santa Fe, Chaco y Formosa muestran además, que ese modelo se mantenía aún con pocas modificaciones de fondo.