La fundación legal de las misiones se fundamenta en el deseo permanente de la Corona española de proteger a los indios, todos los monarcas desde los reyes católicos a los Austrias menores legislan siempre a su favor, empezando por el deseo de Isabel la Católica de considerar a los indios personas y súbditos y por ello no susceptibles de ser tratados como esclavos.

Fernando "El Católico", seguidor de las ideas de la reina, dicta las leyes de Burgos de 1512, que fueron las primeras que establecieron la protección de los indios americanos, reglamentando la utilización de la abundante mano de obra indígena.

1542 se presenta ante el rey la obra del dominico Fray Bartolomé de las Casas, la "Brevísima relación de la destrucción de las Indias", que causó gran revuelo. La defensa a ultranza del indio llevada a cabo por las Casas, Montesinos en la Española en 1511 y posteriormente por Matías de Paz en Salamanca y Francisco de Vitoria en 1538, presionan al rey Carlos I que modifica y suaviza las Leyes de Burgos, proclamando las LEYES NUEVAS, en septiembre de 1542, que abolían las encomiendas y declaraban libres a todos los indios de América.
 
1568 la Junta Magna del Consejo de Indias se preocupa por el envío y selección del personal misionero y alienta la práctica de congregar en poblados a los nativos, para su mejor evangelización.

1573 FELIPE II dicta unas Disposiciones, que fueron incluidas en la Recopilación de las Leyes de los Reinos hecha por Julián de Paredes en 1681 y fueron válidas hasta 1768 año de la expulsión de los jesuitas.

LEY XIX: que no se dé licencia a los indios para vivir fuera de sus reducciones.
LEY XXI: que en pueblos indios no vivan españoles, negros, mestizos y mulatos.
LEY XXIII:  que ningún español esté en pueblo de indios más que un día.