A comienzos del siglo IX a.C, grupos de guerreros nómadas entraron en Irán occidental, probablemente por el Cáucaso. El grupo dominante estaba compuesto por escitas. Herodoto da pocos detalles de esta entrada y habla de un interregno de 28 años, durante el gobierno de los medos. La datación de este suceso es incierta, pero tradicionalmente se encuadra entre los reinados de Phraortes y Cyaxares entre los años 653 a 625 a.C. Junto con los Medos y otros grupos, se convirtieron en una amenaza seria para Asiria, y en apariencia rompió el equilibrio de la región.

Herodoto afirma que bajo Cyaxares (625-585 a.C.), los escitas fueron derrocados tras el asesinato de sus gobernantes en una fiesta. Aunque los hechos debieron ser otros, posiblemente los escitas se retiraron del occidente de Irán o se integraron en la confederación de los medos. Cyaxares es una figura totalmente histórica que aparece en las fuentes cuneiformes como Uvakhshatra. Herodoto afirma que Cyaxares reorganizó el ejército medo en unidades especializadas: infantería y caballería. Una vez reorganizado y unificado el reino medo, se inició el principio del fin de los asirios.

Comenzaron atacando una de las principales ciudades fronterizas del reino asirio: Arrapkha, en 615 a.C., continuaron con el sitio de Nínive, hacia el 614 a.C. pero fue incapaz de capturarla, aunque atacó con éxito la capital religiosa de Asiria: Ashur. Se firmó una alianza entre Babilonia y el Media, mediante un matrimonio entre la nieta de Cyaxares y el hijo de Nabopolassar.

En 612 el ataque en Ninive se renovó, y la ciudad se desplomó a finales de agosto (los babilónico llegaron tarde a la batalla). Los babilónicos y los Medos siguieron a los asirios que huían hacia Siria. El último gobernante asirio, Ashur-uballit II, desapareció en el 609 a.C.

Tumba de Ciro en Pasargada, Irán

Tras estos acontecimientos surgió un problema: cómo dividir los despojos del reino asirio entre los vencedores.

Las fuentes cuneiformes callan, aunque parece que los babilónicos querían las zonas asirias situadas en el creciente fértil, mientras sus aliados tomaron las áreas de la región montañosa. Los medos se instalaron en las tierras de Anatolia oriental, en lo que había sido el reino de Uratu, el enfrentamiento con los lidios, potencia dominante de Asia Menor, era cuestión de tiempo. En 585 a.C., probablemente por la mediación de los babilónicos, se firma una paz entre los Medos, Lidia, el Halys (Kizil) se situó como frontera entre los dos estados. Cyaxares controló inmensos territorios: desde Anatolia al Halys, todo de Irán occidental hacia el este, quizás llegó hasta el área de la Teherán moderna, y todo el Irán sur-occidental, incluso Fars.

Astyages (585-550 a.C.), sucedió a su padre, Cyaxares. En comparación, su reinado es poco conocido. La alianza con Babilonia se debió romper durante su reinado y los medos perdieron poder al ser derrocados por el levantamiento de los persas al mando de Ciro II,el Grande.