Un concepto muy importante introducido por la programación estructurada es la abstracción. La abstracción se puede definir como la capacidad de examinar algo sin preocuparse de los detalles internos. En un programa estructurado es suficiente conocer que un procedimiento dado realiza una tarea específica. El cómo se realiza la tarea no es importante; mientras el procedimiento sea fiable se puede utilizar sin tener que conocer cómo funciona su interior. Esto se conoce como abstracción funcional.

Una debilidad de la programación estructurada aparece cuando programadores diferentes trabajan en una aplicación como un equipo. Dado que programadores diferentes manipulan funciones separadas que pueden referirse a tipos de datos mutuamente compartidos, los cambios de un programador se deben reflejar en el trabajo del resto del equipo. Otro problema de la programación estructurada es que raramente es posible anticipar el diseño de un sistema completo antes de que se implemente realmente.

En esencia, un defecto de la programación estructurada, como se acaba de ver, consiste en la separación conceptual de datos y código. Este defecto se agrava a medida que el tamaño del programa crece.