Toda planta para desarrollarse normalmente y obtener buena producción necesita de una buena cantidad de elementos mayores (Nitrógeno, Fósforo y Potasio), así como de elementos menores necesarios para las funciones vitales de la planta como el Boro, Magnesio, Zinc, Manganeso, Azufre, Cobre, etc.

Todos los métodos de agricultura orgánica garantizan la presencia en el suelo de microorganismos como bacterias, hongos, micorrizas, insectos y lombrices  que descomponen la materia orgánica convirtiéndola en humus, además de facilitar la fijación de nutrientes y la fácil absorción de estos por las plantas.

Los principales métodos utilizados en la agricultura orgánica para mejorar las condiciones del suelo y por ende facilitar y mejorar la nutrición de las plantas son:

Preparación de abonos Fermentados (caldos microbianos): Se preparan utilizando insumos como productos orgánicos, productos químicos puros (no sintéticos), desechos de plantas, estiércoles, harinas, huesos, entre otros con lo que se preparan biofertilizantes que potencian la microfauna del suelo, mejorando sus condiciones biológicas y favoreciendo a las plantas. Preparación de abonos compostados: Se preparan utilizando insumos naturales y de fácil consecución como estiércoles, cal, tierra, desechos orgánicos de cocina y desechos de cosecha, con los que se preparan abonos de muy buena calidad. Preparación de lombricompuesto: Preparación de abono orgánico utilizando lombriz californiana.