Es importante llevar un control acerca de las modificaciones que los programas de aplicación introducen en los archivos de configuración de SO.

Tengamos en cuenta que generalmente todos los programas que generen cambios en Config.sys y Autoexec.bat, crearán además una copia de los originales con la extensión cambiada.

Los programas antiguos, generalmente no informan acerca de todas las modificaciones que realizan, tanto en los archivos de configuración, como en el disco rígido. Esto hace que sea difícil eliminar el programa, volviendo a la situación previa a su instalación.

Los programas más nuevos, en cambio, vienen provistos de utilidades de desinstalación (Uninstall.exe) e informe completo de modificaciones (Install.log), por lo que la tarea se simplifica notablemente.

En función de prevenir problemas de configuración, y poder revertir siempre cualquier cambio en ella, es de suma utilidad guardar los archivos de configuración del SO y de Windows (Win.ini y System.ini) en un directorio a tal efecto en un lugar seguro del disco rígido.