Desde el punto de vista naturopático, la enfermedad es un estado inarmónico del organismo, que se manifiesta mediante un conjunto de síntomas y signos, que son producto de la reacción natural del individuo, en su lucha por vencer a la causa morbosa que la produce.

La violación de las leyes naturales -causa principal de muchas enfermedades- se puede hacer por ignorancia, indiferencia, falta de voluntad y autoindulgencia, y han de anularse mediante una adecuada educación naturopática de los individuos y de las colectividades, tanto en lo referente a la educación higiénica y emocional, como de la practica de la vida al aire libre y puro, al ejercicio físico y a la alimentación sana y equilibrada.

Es importante tener en cuenta, que para que cada parte del organismo se encuentre en buen estado, necesita de la acción de todas las demás. Del mismo modo, cuando algún órgano del cuerpo enferma, también lo hacen los demás, o al menos aquellos que están más relacionados con el afectado.

A esto hay que añadir que la enfermedad la determina el organismo o el terreno abonado para que esta se desarrolle y no la causa morbosa propiamente dicha. Por ejemplo, la tuberculosis existe, pero no todo el mundo la padece, también hay enfermos portadores de algún otro tipo de enfermedad, virus o bacterias que sin embargo no la manifiestan. Deduciéndose por ello que no hay enfermedades sino enfermos.

Los síntomas son los fenómenos, signos y funciones anormales con los que se manifiestan la enfermedad. El conjunto de los síntomas se denomina síndrome. Existen tres tipos de síntomas: Los útiles, los perjudiciales y los artificiales.

Los útiles son los que constituyen las crisis curativas, por ejemplo, una expectoración catarral, ya que por medio de la cual se arrastran las toxinas; una eliminación diarreica que expulse sustancias dañinas del intestino, o la fiebre la cual destruye por medio del calor los virus o las bacterias causantes de cualquier infección.

Los perjudiciales son los producidos por procesos crónicos  degenerativos, por ejemplo, los derivados de una lesión cancerosa, tuberculosa o una inflamación de las meninges (meningitis). 

Los artificiales son los que desencadenan los efectos secundarios de los fármacos, los cuales solapan o se confunden con los demás síntomas producto de la enfermedad y por lo tanto pueden hacer confundir al diagnostico que busca la raíz o el origen de cualquier enfermedad, por ejemplo, las nauseas, mareos, somnolencia, dolor de estómago, etc. que se producen al tomar determinados medicamentos sintéticos.