Mozart pide ayuda para superar ese periodo. Se vuelve a interpretar Las bodas de Fígaro. Eso dará el encargo de una ópera basada en el libreto de Da Ponte: Cosí fan tutte ossia la Scuola degli amanti. A finales de año muere su nueva hija, Ana María, que sólo vivirá una hora. La obra ha conseguido un éxito estimable, pero allí termina al morir el emperador ya que su sucesor, Leopoldo II, no le concede ninguna atención.

A partir de 1790 la salud de Wolfgang empieza a degradarse, tal y como lo está su bolsillo. En este año compone poco y el emperador lo deja a parte de los actos oficiales. Así, para asistir a la ceremonia de coronación de Fernando y María Carolina de Nápoles en Francfort vende la vajilla de plata y los muebles. Este viaje, lejos de darle trabajo, se convierte en un fracaso ya que no consigue ningún encargo, sólo el ánimo de sus viejos conocidos de Munich: Cannabich, Ramm y otros compañeros. Al llegar a Viena le está esperando la oportunidad de partir a Londres para escribir dos óperas en seis meses, pero esta se le escapa de las manos al no tener dinero para viajar. Quien si va es Joseph Haydn. A partir de ahora crea de una manera deslumbrante. En sus obras no hay ninguna sombra de pena. Además, pronto llegará una buena noticia de manos del director del teatro Auf der Hieden, Emmanuel Schikaneder: la oferta de escribir para el libreto de La flauta mágica. Sin embargo, continuará el mal estado de salud de su mujer que tiene que ir a Baden para solucionar esos problemas.

Mientras, el director le presta a Mozart una casa cerca del teatro para hospedarse y componer. Nace su sexto hijo. Recibe diferentes encargos: una ópera del Teatro Nacional de Praga; la Clemencia de Tito; y, una Misa de difuntos para el conde Franz von Walsegg que lo quiere como "negro" para escribir, en su lugar, un Réquiem para su mujer. El viaje a Praga lo deja agotado. Al llegar a Viena aún tiene que terminar La flauta mágica que se estrenará el 30 de septiembre con la sala llena, pero ahora no del público de los salones, sino de la gente del pueblo. Al principio son un poco reticentes, pero salen entusiasmados de la que será la última ópera del compositor. Wolfgang dedica, a partir de entonces, todas sus fuerzas a terminar el Concierto para clarinete y el Réquiem. A pesar de la ayuda de su alumno, Franz Xaver Süsmayer, éste último no quedará concluido.

El 5 de diciembre de 1791 el estado de salud del compositor vence sus fuerzas. Wolfgang Amadeus Mozart es enterrado el día 6 en una fosa común ante la única presencia del enterrador de cuerpos. Todos los allegados que asistían el entierro habían abandonado el cortejo porqué hacía mucho frío. Su esposa Constanza no fue. Murió pobre y tuvo un entierro pobre. Nada dejaba constancia de dónde estaba enterrado Mozart.

Una vez desparecido se empezó a considerar al compositor como un genio y todas aquellas alabanzas, que en vida no se le habían dicho, las pensaron y escribieron cuando ya estaba muerto.