Es considerada como la primera ópera del género serio alemán y, en Mozart, es la puerta abierta al romanticismo. Seguirán este camino Beethoven y Weber. Podemos encontrar en ella símbolos masónicos, algunos secretos mágicos y una ambientación egipcia. Todos estos elementos son resaltados por la fuerza de las composiciones de Mozart.

Para los expertos es evidente la influencia del recuerdo de su niñez y del carácter infantil que sigue teniendo en esa edad. El niño, para los románticos, representa ser el estado superior de veneración, de diversión y de inspiración imprescindibles para una buena composición. Quizás por esto, la idea de componer una ópera tan fantástica como La flauta mágica era una oportunidad que no podía dejar escapar este joven autor. También era la oportunidad para acercar el público al mundo infantil y mágico que muchos habían olvidado. Finalmente, la obra que se representó fue una fantasía refinada y misteriosa que dejo sin aliento a todo aquél que la presenciaba.

La obra se estrenó en Viena, ciudad que recibió la primera sesión de una forma discreta, pero su aceptación iría aumentando con el tiempo. Aún no cumplido un año desde su muerte se presentó en Praga donde triunfó desde su inicio. En 1793 en Francfort sur Mein y Munich, además de muchas otras ciudades como Linz, Berlín, Mannheim, Ausburgo, Treves, entre otras. En todas ellas la obra fue muy aplaudida, pero no tardaron en llegar algunos arreglos y parodias que se pasearon por diversos escenarios europeos. No es hasta principios del siglo XIX que la obra original es estrenada en París y Londres.

Hoy en día es considerada como la obra romántica por excelencia. Es también, la obra de Mozart más representada a lo largo de su historia y la que tuvo más éxito estando él en vida.