Lo primero que se sabe sobre la agresión europea a América es la llegada de sus enfermedades, las mismas que llegaron como una vanguardia orientada a preparar el terreno para la llegada de la hueste europea, así la hueste perulera vino precedida de una epidemia que aniquiló a cientos de millares de andinos, entre cuyas víctimas se hallaba el Inca Huayna Capac .

Hacia 1532 la hueste perulera, al mando de Francisco Pizarro, pisó territorio del Tahuantinsuyo iniciando así una historia de genocidios  y aniquilamiento sistemático de de la población a través de las guasabaras, el aperreamiento y los rancheadas . En este periodo de inicial invasión le Tahuantinsuyo se hallaba en medio de una guerra civil, muchas culturas sometidas por los incas, vieron en el español el medio para liberarse de ellos: " estos caudillos indígenas locales, con su ciega rebeldía, fueron instrumentos inconscientes de los cristianos en la lucha contra los principales centros incaicos".

"Indios contra indios. Tal fue en realidad, el secreto de la rápida conquista del Tahuantinsuyo; porque las guerras de la penetración castellana, eran, esencialmente, sanguinarias campañas de unas confederaciones tribales contra otras. Atroz contienda entre indios. Espantosas guerras civiles que los españoles aprovecharon hábilmente y sin escrúpulos. Anarquía política que los castellanos supieron reforzar a través del atizamiento del espíritu levantisco de numerosos indígenas contra el orden imperial incaico"

En ese contexto la población se ve dividida y diezmada, a todo esto hay que sumarle el fanatismo religioso que llevo a la destrucción de ingentes cantidades de registros históricos y culturales de la región.