La repuesta que dio Edward Bach fue que el desequilibrio es debido a un conflicto. Este conflicto puede darse a dos niveles.

1. Conflicto entre el alma y la personalidad. Al hablar de alma, Bach hacía referencia a nuestro verdadero yo, nuestra esencia más profunda que nos dicta nuestro verdadero camino. Es aquella parte de nosotros que, según la filosofía budista o hinduista, es inmortal y se reencarna en sucesivas vidas para aprender y evolucionar. La personalidad, en cambio, aunque es la parte de nosotros que más conocemos y con la que más nos identificamos, esa parte que solemos describir cuando alguien nos pregunta cómo somos, es también la parte mortal, una especie de máscara, una serie de características que utilizamos temporalmente, en una sola vida, para aprender una serie de lecciones que necesitamos aprender en nuestra evolución. La personalidad, por tanto, ha de estar al servicio del alma, nuestra verdadera esencia. Cuando esto no sucede y nos dejamos llevar por las pasiones y deseos más materialistas y egoístas de la personalidad, se produce el conflicto, y con él el desequilibrio.

2. Otra idea importante dentro de la filosofía del sistema de Bach, hace referencia a la unidad de todas las cosas. Más allá del mundo de lo material, aquel que percibimos con los cinco sentidos, se encuentra el mundo de la energía. En él no existe la individualidad, sino que todo lo existente forma parte de lo mismo, de la unidad, de modo que "Cualquier acción contra nosotros o contra otro afecta a la totalidad, pues al causar la imperfección en una parte, ésta se refleja en el todo".

"Así vemos que hay dos errores fundamentales posibles: la disociación entre nuestra alma y nuestra personalidad y la crueldad y el mal frente a los demás, pues éste es un pecado contra la unidad. Cualquiera de estas dos cosas da lugar a un conflicto que provoca  enfermedad".