Las alteraciones después de la puesta pueden ser:

De origen bacteriano: principalmente putrefacciones que dan distintos colores y olores repugnantes. Se citan cinco tipos de putrefacciones:

1) Putrefacciones verdes: producidas principalmente por Pseudomonas flourescens, bacterias que se multiplican a 0° C. El huevo adquiere un color verde intenso en la clara en la primera fase del desarrollo de esta alteración, se descubre con facilidad si se rompe el huevo. La yema se desmorona y se mezcla con la clara, de esta forma va desapareciendo el color verde, no se percibe olor alguno.

2) Putrefacciones incoloras: son producidas por los géneros pseudomonas, acinetobacter, alcalígenes, algunas bacterias coliformes. Esta alteración se descubre observando los huevos a tras luz, la yema se desmorona y puede presentar una costa blanca, el olor es variable.

3) Putrefacción negra: los huevos son casi totalmente opacos debido a que la yema adquiere un color negro y después se rompe para comunicar el contenido del huevo un color pardo turbio, se desprende un color pútrido por la presencia de sulfuro de hidrógeno, es posible que en el interior del huevo este gas adquiera presión. Esta alteración es producida por especies de género proteus, géneros pseudomonas y aeromonas. Proteus melanovogenes produce una coloración especialmente negra en la yema y un color oscuro en la clara.  
          4) Putrefacciones rosas: se suelen presentar con menor frecuencia, son producidas por cepas de Pseudomonas. En la yema existe un precipitado de color rosáceo y una coloración rosa en la clara.

5) Putrefacciones rojas: son las menos frecuentes, son producidas por especies de Serratia, desprenden un olor débil no desagradable.