Hay dos grandes grupos de medios acuáticos, las aguas corrientes (lóticas) y las aguas quietas (lénticas). Entre los primeros destacan los cursos de agua (ríos, arroyos, canales, etc.) y, en menor medida, los estuarios y deltas; entre los segundos los lagos y lagunas. Los embalses tienen una dinámica mixta pues en ellos existen zonas o periodos con aguas corrientes y otros con aguas remansadas. Cada uno de estos hábitats acuáticos posee unas características propias que van a determinar la presencia o ausencia de determinas especies de organismos acuáticos, incluidos los peces.

Nuestro clima mediterráneo, es el responsable de la escasez de agua que padece nuestra región, lo que repercute en el reducido número de las masas de agua en la geografía andaluza, muchos de carácter efímero y muy irregulares a lo largo de los años. Es normal encontrar ríos secos durante el verano y con bastante caudal durante el periodo lluvioso. Esta circunstancia, marca profundamente las características de los hábitats acuáticos andaluces.

Los Ríos

Aunque un río es por definición una corriente de agua continua; en Andalucía esta circunstancia no está garantizada.

Los ríos son elementos vivos del paisaje, que no solo recogen el agua de lluvia que cae en su cuenca sino que dan lugar a riberas (ricas en biodiversidad) y dan forma al relieve.

La principal característica de un curso de agua es la corriente. La mayor parte de los organismos que viven en el río han desarrollado adaptaciones que les permiten sobrevivir en la corriente (formas aplanadas, estrategias de búsqueda de refugios para no ser arrastrados, etc.).

En un típico río se pueden diferenciar tres tramos, cada uno de ellos presenta unas características morfológicas (anchura, pendiente, velocidad de la corriente, fondo, profundidad, tipo de sustrato) y una composición química y biológica distintas.

Tramo Alto o de Cabecera - ZONA DE LA TRUCHA: Tramos altos de los ríos en los que el agua es fría, transparente, rápida, con escasa profundidad y muy oxigenada; los fondos están formados por gravas y cantos grandes. Los cauces suelen ser sombreados. En Andalucía no existen especies típicas asociadas a la trucha, aunque puede coexistir con varias especies de ciprínidos.

Tramo Medio - ZONA DEL BARBO: Aquí el río se ensancha, las aguas reducen su velocidad y se suceden las pozas y rápidos. Los fondos se van haciendo más finos, sobre todo en los remansos. Además del barbo podemos encontrar la boga el cachuelo y en ocasiones la anguila y el lucio. Algunos autores reconocen una zona de transición al barbo, donde habitan tanto salmónidos como ciprínidos.

Tramo Bajo o de Desembocadura - ZONA DE LA CARPA: Se suele localizar en los tramos más bajos y más próximos a la desembocadura. En ellos las aguas son turbias y la corriente escasa, así como la concentración de oxígeno del agua. La temperatura es más elevada que en los dos tramos anteriores y su contenido salino y de carga contaminante también mayor. El cauce puede ser considerablemente ancho y profundo y el sustrato del fondo estará formado por arenas y limos. La vegetación que en otros tramos podía sombrear todo el cauce ahora solo sombrea parte de la orilla. Aparte de la carpa esta zona está habitada por otros ciprínidos de aguas lentas, como carmines, tencas, pardillas, calandinos, gobios, anguilas, perca americana.

Esta zonificación es teórica, el barbo o la carpa o las especies asociadas a tales zonas, tienden a estar en este tipo de tramos de río, pero no significa que no ocupen otros tramos distintos. La trucha por el contrario tiene requerimientos más estrictos y no suele encontrarse más que en la zona que le corresponde.

Los Estuarios

En las cuencas fluviales se suele reconocer una última zona, el estuario, de características marcadamente diferentes a las de los tramos situados aguas arriba, en la que se manifiesta la influencia marina. La franja estuárica se sitúa en las inmediaciones de la desembocadura y en ella se mezclan las aguas del río ricas en nutrientes (procedentes de la cuenca fluvial) con las marinas. La mezcla de los dos tipos de aguas con características físico-químicas y biológicas tan diferentes generan una enorme riqueza de alimentos en la zona, tal es así que los ecosistemas estuáricos están considerados como los hábitats acuáticos más productivos del mundo. En ellos la diversidad biológica es enorme y la ictiofauna muy variada, pues a las especies típicas del tramo bajo se unen algunas especies marinas, más un tercer grupo aclimatado a las aguas salobres. Especies típicas de estas zonas son los esturiones, anguilas, lubinas, bailas, lisas, fartet, pejerrey, etc. ...

Lagos y lagunas

Los lagos son cuerpos de agua permanentes, por lo general de dimensiones grandes o medianas, cuya profundidad impiden que se sequen incluso durante los estíos más prolongados. En ellos existe un ciclo térmico que se repite anualmente, donde se alternan períodos diferentes. En unos las aguas se estratifican (se ponen en capas) según su temperatura. En otros las distintas capas se mezclan. Así si medimos la temperatura del agua a diferentes profundidades durante período de mezcla veremos que esta es siempre la misma. Este período coincide con la época de frío, que abarca desde el otoño al inicio de la primavera. Durante la época de estratificación, que coincide con los meses cálidos, el lago presente típicamente tres capas de agua con distinta temperatura. Una superficial, el Epilimnion, de dos metros de espesor aproximadamente, donde la temperatura es alta y homogénea (mezclada). Una segunda capa, llamada Termoclina, donde la temperatura desciende progresivamente con la profundidad, de unos 10 a 12 metros y por último, las aguas próximas al fondo que forman una capa fría y homogénea, el Hipolimnion.

Este ciclo térmico tiene unas consecuencias muy importantes para la distribución de los peces dentro del lago. Durante la época de mezcla, los valores del oxígeno son elevados y similares en toda la columna de agua por lo que los peces van a ocupar cualquier zona dentro del lago (fondo, orillas, superficie y toda la columna de agua).
 
Durante la época de estratificación, por el contrario, la concentración de oxígeno no es la misma en todas las profundidades. En la más superficial normalmente abunda; en la intermedia, disminuye con la profundidad en sintonía con la temperatura y en la fría capa del fondo el oxígeno puede ser muy escaso, incluso estar ausente. Por esta razón, los peces durante el verano se localizan en las aguas más superficiales y en las orillas, más ricas en oxígeno.

Las lagunas, de menor entidad que los lagos, pueden llegar a secarse durante el verano. Además, por su menor profundidad no suelen presentar el ciclo térmico. En Andalucía solo existe un lago propiamente dicho, la laguna del Zoñar, en Aguilar de la Frontera (Córdoba). Las lagunas son relativamente abundantes en nuestra tierra, especialmente las de tipo endorreico (recogen aguas de lluvia y tienen cuenca cerrada sin conexión al mar), que en su inmensa mayoría son estacionales y salinas, por lo que no suelen contener peces.

Los Embalses

Son cuerpos de agua artificiales, que surgen tras el represado de un río y que comparten características con éstos y con los lagos. En ellos podemos diferenciar dos zonas, la más próxima a la presa, con un ciclo térmico similar al lago, y el tramo donde desemboca el río, denominado cola, más parecido a un ecosistema de aguas corrientes.

Al estar bajo la gestión del hombre, sus características ecológicas van a depender del uso a que se destinen dichos embalses, ya sea suministro a la población, regadío, producción de energía eléctrica, refrigeración de centrales térmicas, etc.

La mayoría de los embalses andaluces sufren grandes fluctuaciones en el nivel del agua. Esto provoca en primer lugar, una ausencia de vegetación en las orillas ya que no se produce enraizamiento de plantas en un medio a veces inundado a veces seco. Como consecuencia de ello se forma una típica banda desnuda de vegetación alrededor del perímetro del embalse que se denomina "ceja". Estas ausencia de vegetación en las orillas unida a las oscilaciones del nivel del agua, dificultan la reproducción de algunas especies de peces que frezan en esta zona, enganchando sus puestas entre las ramas de las plantas de las orillas, pues pueden dejar las puestas de peces e invertebrados al aire libre con la consiguiente muerte de los óvulos.

Esta es una de las principales razones de la pobreza faunística de los embalses, que aunque suelen ser pobres en especies, la población de cada una de ellas suele ser elevada.

Los embalses, al poseer un ciclo térmico similar al de los lagos, los peces se van a distribuir de diferente manera según la época del año. En invierno de forma específica cada ejemplar y en verano en las orillas y la cola del embalse, donde la concentración de oxígeno y la entrada de alimento es mayor. Peces típicos de los embalses andaluces son: carpa, barbo, bogas, perca americana, perca sol, lucio, etc.

Los Canales

Los canales y los ríos canalizados suelen ser muy pobres en especies. El cauce al estar cementado, es muy homogéneo, carente de vegetación, sin zonas de refugio y con muy poco alimento, al no ser un río vivo interactuando con su entorno (con producción de biomasa).  Su utilización puede ser estacional en el caso de los canales o acequias con lo que estaría seco un período de tiempo al año.