Debido al gran uso que le damos a los discos diariamente, debemos disponer de algún utilitario para diagnosticar y reparar errores lógicos (problemas en el sistema de archivos) y físicos (fallas de escritura y/o lectura en la superficie del disco) en las unidades lógicas, además de verificar la integridad de todos los componentes del disco y del S.A. Las versiones de MS-DOS anteriores a la 6.0 incorporaban el CHKDSK para cumplir parcialmente y con ciertas deficiencias esta función de "médico" de los discos y a partir de esa versión, el ScanDisk, un utilitario mucho más sofisticado que el anterior. Una función similar y un poco mejorada de este último la ofrece el Disk Doctor de Norton Utilities.

No usar nada viejo y desconocido. Tenga en cuenta que este tipo de utilitarios debe estar preparado para el S.A. de la unidad lógica. Si por ejemplo usamos uno viejo que soporte solamente FAT 16 sobre una unidad con FAT32 podemos destruir todos los datos de la misma.

Para FAT16 y FAT32 tenemos entonces el ScanDisk que nos permite hacer las siguientes verificaciones para detectar y solucionar los problemas que surjan de éstas:

- Sector de Arranque. Comprueba la legitimidad del PBR si se trata de una partición primaria.

- FAT. Comprueba la consistencia de la información contenida en la FAT y verifica que el estado de ambas copias sea idéntico. Si no Jo es, significa que una quedó desactualizada y se tomará alguna como válida, copiándola sobre la otra.

- Nombres de Archivos Largos. Al eliminar archivos con nombres largos (mayores a 8 caracteres) fuera del modo gráfico de Windows 9X/Me, no se actualiza correctamente la FAT y quedan entradas adicionales que deben ser eliminadas porque ya no tiene sentido su existencia pues el archivo al que apuntan dejó de existir. Esto es porque en dicho modo, los nombres largos se ven truncados y solamente se elimina una entrada de la FAT. ScanDisk encuentra estos problemas y los soluciona automáticamente.

- Estructura de Directorios. Verifica que cada uno de los directorios (carpetas) de la unidad lógica sean legítimos y estén accesibles. También se asegura que las entradas ~ y ~ apunten al mismo directorio y su padre, respectivamente.

- Estructura del Sistema de Archivos. Verifíca que las referencias de archivos en cada uno de los directorios (carpetas) sean legítimas y válidas.

Se pueden presentar los siguientes inconvenientes comunes:

- Referencias Inválidas o Nombres Incorrectos Verifica que todos los archivos tengan nombres válidos y todas las referencias de archivos de los directorios (carpetas) estén correctamente identificadas en la FAT.

- Fragmentos de Archivos (Clusters) Perdidos. Verifica que no existan cadenas rotas en la FAT y clusters perdidos. Estos últimos pueden contener datos válidos de archivos que no se terminaron de grabar correctamente pues una aplicación terminó en forma inesperada como cuando se cortó el suministro de energía o se apagó la PC sin salir de algunas aplicaciones. Estos clusters pueden grabarse por si contenían datos que nos interesen o bien eliminarse pues ya no tiene sentido su existencia, porque ocupan espacio en el disco sin sentido. Éste es uno de los errores más comunes, pero no es grave y se soluciona fácilmente.

- Archivos con Vínculos Cruzados (Cross-Linked Files). Este problema se produce cuando dos archivos tienen una o más entradas en la FAT para cada uno de ellos que apuntan a los mismos clusters, es decir, se cruzan en uno o más clusters. Esto hace que uno de los archivos tenga datos no válidos, o bien es posible que ambos estén incorrectos. La manera más consciente de solucionar este problema es eliminar ambos archivos, pues no tenemos certeza si sus datos son correctos o no.

- Superficie Física del Disco. Comprueba los sectores del disco en busca de daños físicos. En caso de encontrar un sector defectuoso, el cluster que utiliza a dicho sector queda marcado como malo y nunca más vuelve a ser utilizado. Si el mismo formaba parte de un archivo, quedará con datos no válidos. No hay más soluciones a los errores físicos del disco que no utilizar los sectores defectuosos. Si durante este test aparecen demasiados errores contiguos podemos estar frente a un grave problema del disco.

- Unidades Comprimidas con DriveSpace o DoubleSpace. En estas unidades se realizan las siguientes comprobaciones especiales para las estructuras de discos comprimidos:
- Cabeceras de Volumen.
- Estructura del Archivo de Volumen.
- Estructura de Compresión.
- Identificadores de Volumen.

Diskettes también. Estos utilitarios también se pueden utilizar para verificar Los diskettes y otros medios de almacenamiento removibles como las unidades Zip.

Cuando los clusters se pierden  Al apagar La PC mientras cualquier aplicación se encuentra corriendo, como ser un S.O. como Windows 9X/Me, casi con seguridad habremos dejado clusters perdidos. A partir de Windows 95B, el ScanDisk en modo carácter corre al iniciar el sistema para resolver este problema cada vez que el equipo no se apaga correctamente.

Ante la pregunta sobre cuándo debemos utilizar ScanDisk o este tipo de utilitarios, las respuestas son varias:
- Cada vez que una aplicación se cierra en forma imprevista.
- Al menos una vez por semana para asegurarse de que el estado del sistema de archivos y del disco sean los óptimos.
- Cuando encontramos dificultades al acceder a un disco.
- Cuando se presentan errores de lectura y/o escritura en un disco o para determinados archivos.
- Cuando el contenido de algunos archivos ha cambiado en forma inesperada.
- Cuando tenemos problemas al intentar ejecutar aplicaciones que en algún momento funcionaron correctamente.
- Ante la desaparición de archivos o carpetas que no fueron borradas por nosotros.
- Ante la presencia de problemas a la hora de iniciar el sistema.