Las ventajas del uso de la compresión de discos ya las conocemos, por lo cual es inevitable mencionar sus desventajas:

- Datos más vulnerables. Al concentrarse todos los datos de una unidad en un único archivo, si se dañan una serie de sectores del disco, perderemos muchos más datos que si la unidad no estuviera comprimida.

- Fragmentación. Debido a sus clusters de tamaño variable, los archivos almacenados en las unidades comprimidas se fragmentan en mayor grado que las otras. Esto puede provocar una caída en el rendimiento y problemas a la hora de querer guardar nuevos archivos debido a la falta de espacio contiguo.

- Utilitarios para Discos. Los mismos deben ser compatibles con el software de compresión utilizado. El software de diagnóstico y desfragmentación de unidades suele ser más lento en unidades comprimidas.

- Rendimiento. El rendimiento de una unidad se ve afectado por la compresión, más allá de la rapidez del procesador, siempre es un poco más lento debido a los procesos adicionales que se agregan y a la rapidez de los discos actuales, especialmente al leer datos en forma secuencial. El proceso de compresión y expansión en tiempo real utiliza cierto tiempo del procesador que podría ser aprovechado por otras aplicaciones.

- Driver. Puede ocasionar incompatibilidades con otros drivers y además ocupa memoria.

- Mayor mantenimiento. Se deben ejecutar utilitarios para el diagnóstico y desfragmentación de unidades con frecuencia dependiendo del uso, para que no aparezcan errores inesperados y no se reduzca el rendimiento.