Nota: Continuamos con la intervención del juez durante la investigación.

b) Construcción de la hipótesis definitiva.

I. Construcción de hipótesis posibles: El núcleo del caso ha fijado una serie de "puntos". Ahora el fiscal tendrá que elaborar las distintas hipótesis posibles, que no son otra cosa que trazar una "línea" entre esos puntos.
 
Por ejemplo unos testimonios vieron entrar a Juan, otros oyeron un disparo y otros lo vieron salir: Uniendo estos testimonios puntuales elaboramos una hipótesis que dice que Juan entró, disparó contra la espalda de Pedro saliendo posteriormente.

La hipótesis es una historia, un relato, que narra como sucedieron los hechos y no debe ser una calificación jurídica de esos hechos. Por ejemplo, una hipótesis no es "Juan asesinó a Pedro con alevosía" sino "Juan realizó tres disparos contra la espalda de Pedro cuando éste estaba durmiendo y le produjo la muerte". La separación entre hechos y calificaciones jurídicas nos ayudará para realizar una buena investigación y plantear correctamente la acusación.

II. Selección de la hipótesis mejor sustentada. De entre todas las hipótesis posibles seleccionamos aquella que, de acuerdo a la lógica y a la sana crítica, nos parece mejor fundamentada.

c) Comprobación de la hipótesis

I. Refutación: La hipótesis mejor sustentada es confrontada con los elementos probatorios recogidos. Aquello que resiste la refutación, constituirá el núcleo de la hipótesis definitiva. Si la hipótesis resulta insostenible, se hace necesario reformularla.

II. Verificación de la tipicidad: Hasta este momento el fiscal se ha limitado a analizar hechos. Ahora, el hecho que constituye la hipótesis definitiva, es comparado con la ley penal, para ver si es típico, antijurídico y culpable. En el ejemplo habría que decir que el hecho sí es delito, en concreto un asesinato con alevosía de conformidad a lo dispuesto en el artículo 132. 1º del Código Penal.

III. Confirmación de la hipótesis: Una vez que el  fiscal ha determinado como ocurrieron los hechos, como lo va a probar y habiendo identificado el tipo penal, estará en condiciones de plantear acusación.