La primera vez que inicie una sesión, posiblemente, además del escritorio se iniciará un programa que le permite administrar sus archivos empleando el ratón. Esta aplicación puede iniciarse también desde los menús de Gnome bajo el nombre Administrador de Archivos o gmc o bien, Nautilus. Este programa y el intérprete de comandos son importantes porque le permiten organizar la información que se almacena en discos duros, disquetes y otros dispositivos.

Un sistema Linux instalado puede tener más de un millón de archivos que afortunadamente se identifican por nombres que pueden organizarse dentro de directorios. En el sistema de archivos de Linux, los directorios se organizan en manera de árbol a partir de un directorio principal llamado directorio raíz; y que se denota por '/'. Cada directorio puede contener otros directorios o nombres de archivos. Un archivo es información de un mismo tipo localizada en algún dispositivo de almacenamiento junto con atributos como: fecha de creación, fecha de última actualización, login del dueño, grupo al que pertenece y permisos. Cada archivo puede tener diversos nombres en diversos directorios, cada nombre es como un enlace a la información del archivo.

El árbol de directorios es el directorio del cual se desprenden los demás; se denota por /.

Como cada programa tiene su propia forma de almacenar información, para facilitarnos la identificación de un archivo suele agregarse un postfijo al nombre del archivo. Tales postfijos suelen llamarse extensiones. Algunos postfijos comunes se presentan a continuación junto con el programa que puede emplearse para verlos o editarlos esta barra / . Veamos algunos ejemplos:

-Textos planos, pueden editarse con un editor de texto y se identifican con .txt

-Gráficas en diversos formatos, pueden editarse por ejemplo con gimp y se identifican con .jpg, .xpm, .gif, .png

-Información comprimida, pueden descomprimirse con gzip -d, uncompress y unzip respectivamente. Para comprimir en estos formatos se usa gzip, compress y zip. Por ejemplo si en el directorio de trabajo existe un archivo cartalarga.txt el comando gzip cartalarga.txt producirá en el mismo directorio el archivo comprimido cartalarga.txt.gz. Se identifican con .gz, .Z, .zip

-Hipertextos HTML que pueden verse con un navegador y editarse con un editor de texto --también hay herramientas especializadas para editar HTML y se identifican con .html.