Básicamente, las ordenes para instalar programas Windows en Linux con wine son las siguientes:
cd "ruta a la carpeta donde se encuentra el programa de instalación Windows"
wine programa.exe

Por ejemplo, supongamos que queremos instalar el winzip y el programa de instalación se encuentra
en el CD-ROM cuya ruta es "/media/cdrecorder/Extra/".

Pantalla que muestra el acceso a un CDROM con programas Windows.

Entonces, desde la línea de comandos, se ejecutan las siguientes ordenes:
cd "/media/cdrecorder/Extra/"
wine winzip80.exe

Entonces, inicia el proceso de instalación con wine:

El programa, con toda seguridad, pedirá un lugar para la instalación. Puede ser cualquier carpeta a la
que tenga acceso el usuario que instala el programa, por lo general, el mismo "home" o carpeta del
usuario. Recomiendo que en una misma carpeta se instalen todos los programas Windows, por ejemplo,
en "/home/usuario/windows/Carpeta_del_programa/", donde usuario es el nombre de la carpeta de
inicio del usuario (por ejemplo, "juan") y Carpeta_del_programa es la carpeta con el nombre del
programa, por ejemplo, "Winzip80".