En la perspectiva de la aún pendiente reforma institucional, totalmente necesaria ante la ampliación de la UE a los países de Europa central y oriental, el tratado de Amsterdam ha ampliado las competencias del Parlamento europeo, ha introducido algunas reformas en el funcionamiento de la Comisión y el Consejo de la UE y ha reforzado las funciones del Tribunal de Cuentas, así como, del Comité Económico y Social y del Comité de las Regiones.

Un hecho clave es que se ha abierto la posibilidad de lo que se ha  denominado "cooperación reforzada" entre algunos estados miembros. Es decir, la posibilidad de que un grupo de países que quieran ir más lejos de lo previsto en los Tratados y en la integración en diversos aspectos, puedan hacerlo en el marco de la Unión Europea. Se trata, en definitiva, de que el ritmo de la integración no lo marquen los países más reacios a la integración, y que aquellos estados deseosos de ceder más competencias a la Unión puedan caminar más rápidamente en el camino de la unidad. Los periodistas han denominado a la Europa que surgiría de la aplicación de estas "cooperaciones reforzadas" de muy diversas maneras: Europa "a la carta", Europa "de distintas velocidades", o la Europa "de geometría variable".

La conciencia de la insuficiencia de las reformas institucionales acordadas hizo que en el mismo tratado se acordara la convocatoria de una Conferencia intergubernamental (CIG); para hacer una revisión general de las instituciones de la Comunidad, antes de que la Unión llegara a tener más de veinte miembros.

Apunte.- El concepto de Conferencia Intergubernamental (CIG) designa una negociación entre los Gobiernos de los Estados miembros fuera del marco y de los procedimientos institucionales de la Unión, cuyos resultados permitan modificar los Tratados. Tiene una importancia principal en la integración europea donde los cambios en la estructura institucional y jurídica - o más simplemente en el contenido de los Tratados - siempre fueron fruto de otras conferencias intergubernamentales (ej.: Acta Única Europea y Tratado de la Unión Europea).