Como segundo pilar, basado en la cooperación entre los gobiernos, se estableció una Política Exterior y de Seguridad Común (PESC) que permitiría emprender acciones comunes en materia de política exterior. El Consejo Europeo, donde se deben adoptar las decisiones por unanimidad, es el que define los principios y orientaciones generales de la PESC. En una declaración ajena al Tratado, los Estados miembros de la Unión Europea Occidental (UEO) reafirmaron el objetivo de construir esta organización por etapas, atribuyéndole, a largo plazo, el papel de convertirse en el componente defensivo de la Unión.

La cruda realidad, en la forma del conflicto de la ex-Yugoslavia (Croacia, Bosnia, Kosovo) ha mostrado que la construcción de una política exterior y de defensa común en la UE es un objetivo a largo plazo. Los EE.UU. y la OTAN siguen siendo los grandes actores en este terreno, y los estados europeos tienen una voluntad política y una capacidad de maniobra aún muy débiles para llevar a cabo su propia política.

Matanza de albaneses por tropas serbias en Kosovo

El tercer pilar, basado en la cooperación intergubernamental del TUE, se centra en la Justicia y los Asuntos de Interior (JAI). Asuntos de interés común para todos los estados miembros como el terrorismo, la inmigración clandestina, la política de asilo, el tráfico de drogas, la delincuencia internacional, las aduanas y la cooperación judicial.

La creación de la Europol, germen de una futura policía europea, es una de las novedades más destacadas en este ámbito.

Hay que señalar también en este terreno que en 1990 se firmó el denominado Convenio de Schengen, que desarrolla el Acuerdo de Schengen para construir una Europa comunitaria sin fronteras.