Las principales secciones son:

Patronato. Es una sección facticia donde se recogen los documentos más interesantes para la Corona. Tiene documentación eclesiástica, descripciones de los descubrimientos, servicios y méritos de distintos conquistadores, Reales Cédulas sobre escudos de armas, levantamientos y guerras, minas de oro y plata y personajes relacionados con las Indias.

Contaduría General del Consejo de Indias. Cuentas de la Casa de Contratación, gastos de armas, audiencias, Consejo de Indias.

Fondos de la Casa de Contratación. Navegación, exámenes de pilotos, registros de idas y venidas, registros de barcos y mercancías, registros de esclavos, registros de rutas y documentación de Justicia.

Fondo del Consejo de Indias. Se compone de 18.760 legajos. Sigue la clasificación que se da en las ordenanzas. Dispone de un apartado de audiencias (secular y eclesiásticos). Se encuentran Reales Ordenes, expedientes personales, correspondencia, indiferente (recoge los documentos de carácter general)

Escribanía de Cámara del Consejo de Indias. Documentación judicial (pleitos).

Secretaría del Juzgado de Arribadas. Documentos judiciales sobre problemas de embarques, naufragios, corsarios, correos, estados, ultramar, fondos de Cuba, consulados, títulos de Castilla, tribunales de cuentas, diversos.

Es el archivo pionero en la informática. Tiene gran parte de la sección de planos digitalizada y buena parte del archivo se puede consultar en Internet.