En el siglo XV, Fernando I funda los archivos de Valencia, Aragón y Baleares. El archivo de la Corona de Aragón, entra en depresión en el siglo XVI, porque se crea un archivo central en Castilla.

En el siglo XVIII empieza una nueva reorganización de este archivo, por un informe que hace al rey Felipe V Agustín Riol.

Decía que era el mejor archivo, pero que estaba muy abandonado. Nombran nuevo archivero y se inicia un inventario general. Se elaboran catálogos de escrituras, privilegios y escrituras generales.

En el siglo XIX con los Bofaruel, se debe la organización actual y la recogida de nuevos fondos, sobre todo de instituciones catalanas, y se abre el archivo a la investigación.

Los principales documentos son:

Cancillería. Se guardan pergaminos (22.000), registros y cartas en papel (50.000).

Varios. Se guardan bulas pontificias (privilegios que concede el Papa). La más antigua es del siglo XII. También se guardan códices, manuscritos e incunables, cartas árabes, hebreas y griegas, partituras musicales y documentos relacionados con la constitución del archivo.

Consejo Supremo de Aragón. Documentación de la Real Audiencía, Documentación de Hacienda, Documentación del Patrimonio Condal, Documentación de la Generalitat, Documentación de Órdenes Religiosas y Militares (Santa María de Ripoll o Montserrat), Protocolos Notariales, Documentación privada que ha llegado a través de donaciones, Fondos de carácter industrial y de Gremios.

Ahora tiene una sede nueva, y es la cabecera del sistema de archivos de Cataluña. Provoca problemas, porque en su inicio era el archivo de la Corona de Aragón.