Las secciones son:

Clero. 3.000 archivos independientes. La más antigua del siglo IX. Pergaminos, manuscritos miniados, dibujos planos y mapas. Tratan de la administración interna de conventos y monasterios. Están escrituras de propiedad, expedientes personales, limpieza de sangre, documentación describiendo iglesias y su patrimonio artístico, actividades religiosas de los conventos. Suelen ser de conventos y monasterios desaparecidos. Disponen de documentación económica y de patrimonio. Los pergaminos son la documentación medieval. Algunos de los monasterios de los que se dispone de documentación son Santo Domingo o San Martín.

Ordenes militares. Tenían muchas propiedades al Sur del Tajo. Las más importantes son las de Santiago, Calatrava y Templarios. Se encuentra documentación de la administración de sus pueblos. Tenemos documentación de Santiago desde el siglo XI y conserva documentación de su archivo central en Uclés, del Convento de San Marcos en León y el Sancti Spiritus de Salamanca y documentación de los conventos femeninos. Las visitas son las actas que se levantan contando los viajes que hacen los comendadores a su territorio. También hay expedientes de limpieza de sangre. Hay un importante archivo judicial, porque está la documentación del Consejo de Ordenes. Era la institución que se encargaba del control administrativo y judicial de las órdenes. Hay también documentación sobre órdenes extranjeras (Temple).

Estado. Recoge documentación de la secretaria de Estado durante el siglo XVIII y parte del XIX. Es básicamente de política exterior. También tenía documentación de Hacienda, Gracia y Justicia. Se encuentran informes de nuestras embajadas. Documentación sobre la interpretación de lenguas.

Documentación de los Consejos de Italia, Flandes e Indias. Documentación de guerras, concesión de Grandezas de España y títulos del Reino hasta 1857 y ordenes civiles. Documentación de América. Documentación sobre la trata de negros. Documentación de personas Reales.

Juros. Son los títulos de deuda antiguos. Acreditan que alguien ha prestado dinero a la Corona. Tenemos 2.037 legajos.

Universidades. Es la sección del distrito universitario de Madrid. Contiene documentación de la antigua universidad de Alcalá de Henares. Está toda la documentación hasta 1836. Hay documentación de la Universidad Central, colección Cisneros, documentación de las facultades de ciencia hasta 1914, derecho, farmacia, filosofía y letras hasta 1936. También se encuentra documentación del Instituto Cardenal Cisneros.

Sigilografía. Todos los sellos empleados en el siglo XIX. Hay sellos de cera, de plomo, de laca, de tinta. También hay matrices de sellos.

Inquisición. Se divide en documentación del Consejo y los fondos de los tribunales de distrito. Es básica para estudiar a la sociedad española de cuatro siglos. Hay tanto de la española como de la americana.


Consejos suprimidos. Documentación del siglo XVIII que no se llevó nunca a Simancas. Documentación de Alcaldes de Casa y Corte. Es generada por los alcaldes de Madrid (Alcaldes del Rey). Documentación de Aragón. Hacienda y Cruzada. Es la más importante del Archivo Histórico Nacional.

Códices y Cartularios. Se forma con libros valiosos (miniaturas, soporte, encuadernación o letra). Documentación genealógica, cartularios.

Ultramar. Documentación del Ministerio de Ultramar (documentación de Cuba, Puerto Rico y Filipinas).

Osuna. Documentación comprada al Duque de Osuna. Era el archivo señorial más importante del siglo XIX. Documentación de todos los puntos de la península. Actualmente es el archivo de la nobleza situado en Toledo. Se ha fundado para recoger archivos nobiliarios en peligro de extinción. Fue generado por la familia del Infantado de los Osuna de Medina de Rioseco, Gandía, Benavente, Bejar y Arcos.

Los Duques del Infantado tenían señorío y la gente dependía de ellos. Se extendían desde Santillana del Mar hasta Cádiz. Eran de su propiedad desde el siglo XIII. Se crea el archivo de la nobleza en 1992 en el Hospital de Tavera en Toledo.

Diversos. Donaciones de pequeños fondos. Suman 7.256 legajos. Se encuentran archivos de corporaciones locales, documentación incompleta de instituciones medievales desaparecidas (Comunidad de aldeas de Daroca y Albarracín), Documentación de la Santa Hermandad (Toledo y Ciudad Real), archivos familiares y personales, colecciones de autógrafos, documentación de bellas artes, diplomática, mapas y planos y documentos sueltos.

Fondos contemporáneos. Formado por las transferencias de documentos de la administración contemporánea. Se inicia en 1960. Causa general (muertes de la guerra), desamortización (fondos procedentes del Ministerio de Hacienda), fondos de la delegación de hacienda de Madrid.

Guerra Civil (Salamanca). Compuesto por los documentos que el tribunal especial para la represión de la masonería y el comunismo incautó (partidos políticos, logias masónicas, Generalitat de Cataluña). Hay dos secciones básicas: sección masónica (logias masónicas, expedientes personales de los componentes de las sociedades) y la sección político-social (sindicatos, partidos políticos, asociaciones culturales de izquierda, libros prohibidos, periódicos, panfletos). Tribunal de represión de la masonería y el comunismo (desde 1940 a 1963).