El Archivo Histórico Nacional se crea para recoger los documentos procedentes de la desamortización. El antecedente es la Junta Superior Directiva de Archivos que se crea el 5 de noviembre de 1847. Preparó el trabajo, y en 1866 se crea el Archivo Histórico Nacional. Su objetivo fue recoger los documentos desamortizados. El Ministerio de Fomento era el encargado de trasladar estos documentos a Madrid.

Se reunían para ponerlos a disposición de los investigadores. Primero estuvo en la Real Academia de la Historia. El director era Tomás Muñoz Romero, experto medievalista.

En sus primeros 30 años, se recogió poca documentación. En 1896, se trasladaron a la planta baja de la Biblioteca Nacional. Llegan archivos de Ordenes militares, Universidad Complutense, Consejo de Estado, Cámara de Castilla, documentos de Cuba, Juros de Hacienda.

La compra más interesante es el archivo de los Duques de Osuna. En 1952, el archivo se traslada al número 115 de la Calle Serrano. Se ha recibido documentación contemporánea sobre todo de Hacienda.

El archivo se organiza en base al valor histórico del documento, pero el valor histórico del documento varía según la época. Las secciones son divisiones administrativas.