Simancas tiene cerca de 28 secciones distintas. Es muy tradicional en su organización. Las secciones son:

Patronato Real. Se organiza cogiendo documentos importantes para la Corona de otras secciones. Tiene documentación de asuntos de guerras, pleitos y homenajes, capitulaciones con reinos moros, asuntos exteriores (tratados), Fundaciones Reales, Instrucciones de reyes a sus hijos.

Secretaria de Estado. Es una documentación que procede del Consejo de Estado que fue antes del Consejo Real. Se crea para aconsejar a los reyes sobre asuntos de Estado. La mayor parte del Consejo de Estado tiene que ver con Asuntos Exteriores.

Se encuentra la correspondencia de los reyes de Castilla. La básica es: correspondencia del rey, informes de embajadores, consultas del rey y a veces expedientes, libros de registros del Consejo y expedientes sobre expediciones marítimas.

Secretarias provinciales. Recogen los documentos de los Antiguos Consejos de Italia, Flandes y Portugal.

Visitas de Italia. Tendría que estar en la anterior.

Consejo Real de Castilla. Consejo de gobierno de este reino. Se supone que era el Consejo más importante de todos.

Cámara de Castilla. Se veían los nombramientos de personas para oficios reales, asuntos de Patronato. Personal que trabajaba para la Administración del Estado.

Patronato Eclesiástico. Provisión de puestos eclesiásticos, Fundaciones, Procesos, Memoriales.

Gracia y Justicia. Es la continuación en el siglo XVIII de las tres anteriores. Se encuentra documentación de las relaciones de España con la Rota Romana, imprentas, títulos nobiliarios, indultos, dispensas, títulos de nobleza.

Registro del sello. Volúmenes de registros de la Corona de Castilla. Empiezan en el siglos XVI. Se copian los documentos autorizados por sellos de placa. Es básico para recuperar archivos perdidos.

Casa Real, obras y bosques. Documentación de la administración y la formación del patrimonio personal de los reyes castellanos, reales alcázares de Sevilla, convento de Santa Clara, Palacio Real, Casa de Campo, etc.

Guerra. Incluye guerra y marina, secretaria de guerra y marina.

Documentos de la administración de Hacienda. De los siglos XVI al XVIII.

Mapas, dibujos y planos.

Varios. Se conserva el archivo de la secretaria del archivo, peticiones, resultados de las búsquedas, documentación generada por la organización y obras del archivo, expedientes de las investigaciones, inventarios antiguos.