El archivo general de la administración está situado en Alcalá de Henares (Madrid). Se crea partiendo de un antecedente antiguo. En 1758 se crea un archivo central para la administración pública española. Tenía que recibir los documentos administrativos que no fueran necesarios para la gestión diaria. Se eligió el antiguo archivo arzobispal de Alcalá de Henares.

No reunía buenas condiciones. En 1939 se compartió el edificio con la Brigada Paracaidista. Se incendió en 1940, y hasta 1969 no se crea un nuevo archivo. Se creaba para recibir los documentos ya gestionados con mas de 25 años. Iba a funcionar como archivo intermedio para recoger los documentos que han perdido su utilidad administrativa pero no se sabía si iban a ser históricos.

Este archivo recibe documentación de la administración central del Estado. En el edificio están separados los depósitos de las salas generales.

Cuando se iniciaron las trasferencias de documentos no se había hecho un estudio previo de los documentos a conservar. No había normas de selección y expurgo. El primer ingreso de fondos comienza en 1972 y se inaugura oficialmente el 27 de marzo de 1976.

En una primera etapa se conservó documentación. A partir de 1985, con la nueva Ley de Patrimonio, se abre el archivo a la investigación. Es uno de los archivos más consultados del país. Se ha convertido en un archivo de la historia contemporánea. Hay documentación privada y algunas colecciones.