Usos

1- Normalmente se usa el presente perfecto del subjuntivo cuando tenemos un verbo en el presente en la cláusula principal pero queremos expresar una acción completa en el pasado. Lo usamos en vez de usar el imperfecto del subjuntivo (nuestra

Por ejemplo:
Me sorprende que mi hermano se haya graduado de la universidad.
En vez de: "que mi hermano se graduara..."

2- El presente perfecto de subjuntivo equivale a un presente perfecto de indicativo:

'No creo que haya llegado todavía' (= creo que no ha llegado)
'No creo que el viernes haya resuelto el problema' (= creo que el viernes no habrá resuelto el problema todavía)

3- Oraciones independientes

- Deseo

Ojalá (que): 'Ojalá (que) haya llegado a tiempo' (pasado inmediato)
Que: ¡Que todo haya salido bien por favor!
Otros usos de que + subjuntivo:
Sorpresa:' ¡Que tú hayas dicho eso me sorprende!'
Así (malos deseos):' ¡Así se haya roto una pierna!'
Posibilidad: Puede que 'Pedro haya llegado tarde.'

- Probabilidad

Quizá(s): Quizá haya ido al médico.
Tal vez: Tal vez haya visto ya la película.
Probablemente/ Posiblemente: 'Probablemente hayan comprado ya todo lo necesario para la fiesta.'

4- Se utiliza el subjuntivo cuando se refiere a un hecho no experimentado o que no importa, con las conjunciones: aunque, a pesar de que, pese a que, por más (sustantivo) que.

- Iremos a la playa, aunque/ a pesar de que/ pese a que haya llovido.

Por más ejercicios que haya hecho, no comprendo totalmente el subjuntivo.
Quiero señalar también que siempre va subjuntivo detrás de: por mucho que, por poco que; por (muy) + adjetivo/adverbio + que.

- Por poco que hayas estudiado, aprobarás ese examen.
- Por (muy) lejos que haya ido, lo encontraremos.
- Por mucho que lo haya intentado, no lo hará bien.