Usos

1- En exclamaciones: el pretérito pluscuamperfecto del subjuntivo se refiere a acciones de cumplimiento imposible, acciones que nos arrepentimos, en cierto modo, de no haber hecho; o expresar algo que no pudo ser.

¡Hubiera sido mejor ir por el otro camino! (Pero hemos ido por éste)
¡Yo nunca le hubiera dejado entrar en mi casa! (Pero él le dejó entrar)

¡Nunca lo hubiera sospechado! (Aunque ahora lo sé con seguridad).

¡Me hubiera gustado ir con ustedes! (Pero no pude ir)

2- Se usa en oraciones con "ojalá", dichas oraciones expresan un deseo imposible o hipotético sobre el pasado.

Ejemplos:
¡Ojalá hubieras venido a mi casa!
¡Ojalá hubieras estado ahí!
¡Ojalá nunca te hubiera conocido!
Para un mayor sentido a la oración puedes utilizar la siguiente sugerencia:

Ojalá + Pluscuamperfecto del Subjuntivo + Complemento.

3- En una acción hipotética en el pasado cuando el verbo del cláusula principal está en el condicional simple o condicional perfecto.

Ejemplos:
Sería una lástima que no hubiera estado en la fiesta.
Habría regresado a casa, si tú no me hubieras dicho la verdad.
Si tú no me hubieras dicho la verdad, habría regresado a casa.

4- Empleamos el pluscuamperfecto del subjuntivo para indicar una acción anterior de la que no estábamos al corriente.

Ejemplos:
No sabía que ya hubierais llegado.
No sabíamos que hubieras estado en Suchitoto.
No sabía que hubieras tenido un hijo con tu primera esposa.

5- Para expresar una probabilidad del pasado, empleando las partículas: quizá (s) y tal vez; aunque no son las únicas, son las más usadas.

Ejemplos:
Tal vez él hubiera terminado con el problema del colegio.
Quizás habría ido, si hubiera sido importante

Nota: No se puede utilizar el mismo tiempo verbal para casos no relacionados.  Uno es una suposición, y el otro es una consecuencia directa a lo que pudiera haber ocurrido. 

Ejemplo:
Si María hubiera estado aquí, le hubiera encantado verte. (INCORRECTO)
Si María hubiera estado aquí, le habría encantado verte. (CORRECTO) 

En conclusión, el uso más corriente de este tiempo, es el de expresar hipótesis en tiempo pasado y nos preguntamos que hubiera pasado si la acción habría pasado. Espero haberlo explicado bien.