Algo que es bueno señalar es la concordancia de tiempos verbales tanto en el presente como en el imperfecto, ambos del subjuntivo, por ejemplo:

Cláusula principal
Presente
Presente progresivo
Presente perfecto (indicativo)
Futuro imperfecto (Indicativo)
Futuro simple
Imperativo

Y en la cláusula subordinada
El presente del subjuntivo
Dicho lo anterior es bueno ver algunos ejemplos del uso de subjuntivo presente en cláusulas subordinadas:
Mis padres desean que estudie mucho.
Mis padres me están sugiriendo (en este preciso momento) que estudie mucho.
Mis padres me han sugerido que estudie mucho.
Mis padres me sugerirán que estudie mucho.
Mis padres me van a sugerir que estudie mucho.
¡Mándale a nuestra hija que estudie mucho!

Esto mismo sucede en el imperfecto del subjuntivo, con diferentes combinaciones de tiempos para poder relacionarlos al pasado, por ejemplo:

Cláusula principal
Pretérito
Imperfecto (indicativo)
Pluscuamperfecto (indicativo)    
Condicional
Condicional perfecto

Y en la Cláusula subordinada colocaremos el Imperfecto de subjuntivo, algunos ejemplos de uso del imperfecto del subjuntivo en cláusulas subordinadas son los siguientes:

Mis padres me sugirieron que estudiara mucho.
Mis padres me sugerían que estudiara mucho.
Mis padres me habían sugerido que estudiara mucho.
Mis padres me sugerirían que estudiara mucho.
(De haber estado aquí) mis padres me habrían sugerido que estudiara mucho.

Lo he hecho de esta forma para ver el sentido que toma cada oración usando presente del subjuntivo e imperfecto, pero Las combinaciones sugeridas no impiden otras combinaciones, por ejemplo (como ya mencionamos), el verbo de la oración principal puede estar en el presente de indicativo y el de la cláusula subordinada en el imperfecto del subjuntivo:

Siento que tuvieras que trabajar tanto.
Lamento que muriera tan joven.

Para poder entender mejor vamos a ver lo siguiente:

Diferencia esencial del imperfecto del subjuntivo y el presente del subjuntivo:

1-El presente del subjuntivo expresa una acción necesariamente presente o futura, pero no pretérita. 
2-Pero la acción del imperfecto del subjuntivo puede realizarse en cualquier tiempo. 
Me alegré de que no hablara.  (Pretérito)
Convendría que vinieras temprano.  (Futuro)
¡Ojalá que llegaran ya mismo!  (Presente)