El berilo es un mineral bastante común, de origen generalmente pegmatítico, asociado a rocas graníticas. La esmeralda es la variedad de berilo que debe su color principalmente al Cr3+, aunque el vanadio y el hierro férrico influyen

considerablemente en su color. El cromo, a diferencia del berilio, normalmente se encuentra en rocas ultrabásicas y básicas, por lo que la coincidencia de berilio y cromo es realmente excepcional. De ahí la rareza de las esmeraldas. Para que se forme un yacimiento de esmeraldas es necesaria la presencia de rocas o fluidos que contengan berilio con otros que porten cromo.

Los yacimientos de esmeraldas más ricos del mundo, los de Muzo, Chivor, Cáchala, Cozcuez y Peñas Blancas (Colombia) tienen un origen hidrotermal y se encuentran en arcillas negras bituminosas intercaladas con calizas, que constituyen la roca encajante.

Los otros tipos de berilos son, por lo general, pegmatíticos. Los más importantes son las aguamarinas, cuyos principales yacimientos se encuentran en varios estados de Brasil. También en Rusia, Madagascar, Pakistán y Zimbabwe. Berilo amarillo o heliodoro es la variedad más común entre los berilos gema, teniendo sus principales yacimientos en Brasil, Ucrania, Madagascar. Las morganitas son berilos rosas Sus yacimientos se encuentran en Brasil, Madagascar.