Se ha mencionado que el marco institucional nacional, regional o local son claves importantes del éxito y capacidad para contribuir al desarrollo local. Pero el proyecto o intervención depende de otras variables: el diseño del proyecto, la cultura de relaciones de la población y de los actores y sobre todo de las características de las instituciones que las ejecutan.

No toda institución tiene plena capacidad para abordar los objetivos del proyecto y es frecuente encontrarse con instituciones de bajo o buen perfil, lo que hace una diferencia a la hora de abordar las diferentes etapas del proyecto.

Las instituciones son piezas claves a la hora de enfrentar procesos de alianza entre actores o por el contrario suelen ser objeto de enfrentamientos.

La institución que define y ejecuta el programa/proyecto, está condicionada por el contexto institucional local o es independiente respecto al mismo, imponiendo su propia racionalidad al proyecto y al contexto social. En ambos casos, la institución tiene una determinada capacidad para cumplir con los objetivos. Ahora, también es importante observar el rol que desempeña la institución ejecutora en el desarrollo y transferencia de competencias a la instancia local institucionalizada.

- Un aspecto que se debe tomar en cuenta es el tamaño de la institución. Si es Un aspecto que se debe tomar en cuenta es el tamaño de la institución. Si es pequeña, puede no alcanzar los objetivos del programa, y si es grande, puede que imprima su propia racionalidad al programa.

- Se observan casos en que la institución no se diferencia del programa, viéndose éste limitado por las dimensiones de la institución o la institución adapta el programa a sus objetivos propios. Estas situaciones definen las condiciones de eficacia en la implementación de los proyectos.

Una forma de acción adecuada para el funcionamiento de un programa/proyecto, cuando existe un nivel colectivo, institucionalizado, coordinado y participativo en la toma de decisiones. En otros casos, las decisiones administrativas están realizadas por la institución ejecutora (ONG, el organismo estatal o internacional) de acuerdo con su propia racionalidad y ritmo institucional. Por este motivo, se producen impases y vacíos en el buen desarrollo del proyecto y sobre todo en su relación con el contexto local.

A veces es muy difícil diferenciar el programa de la institución ejecutora. Esto es así, no sólo porque muchas instituciones existen para el proyecto, porque han sido creadas ad hoc, sino, además, porque la institución suele proyectarse ella misma a través del programa o proyecto. Lo más frecuente es que una institución existe sólo durante el transcurso del programa o proyecto. Ello ocurre cuando se hacen ONGs para capturar los recursos externos para tal o cual programa de desarrollo.

Finalmente está el caso en que la institución elabora e impulsa la ejecución del programa en función de su propia racionalidad, de eso vive, esa es su vida como institución. No puede existir sin programas o proyectos. Así, las ONGs han sabido adoptar la imagen que la cooperación internacional, con relativa frecuencia, requiere de ellas.