El hombre medieval vivió la religión de un modo rayano en lo supersticioso. En los siglos altomedievales el objetivo de la Iglesia era encauzar las prácticas paganas, de origen neolítico y latino, hacia planteamientos cristianos. La transformación de las estructuras políticas y económicas que acarreó la desaparición del Imperio romano no alteró la mentalidad ni las costumbres del pueblo, que eran eminentemente atávicas, y el paganismo siguió existiendo, profundamente asentado entre la población hasta muy entrada la Edad Media.

La Iglesia trató de cristianizar viejas creencias dotándolas de un carácter sagrado, como la fiesta pagana del solsticio de invierno, que se convierte en la Navidad, el de verano se sacraliza con la festividad de San Juan (el origen de las hogueras, que aún hoy se encienden esta noche en algunas zonas de España, hay que buscarlo en ritos ancestrales),  San José y San Miguel se hacen coincidir con los equinoccios, etc. Paralelamente se orienta al pueblo hacia las fórmulas litúrgicas emanadas de la patrística. Sermones recomendando la misa dominical y como participar en ella, la obligación de comulgar en ciertos días destacados, demuestran que no era práctica habitual del conjunto de la población. Muchos textos altomedievales denuncian ritos anticristianos y la arqueología demuestra una fuerte pervivencia del paganismo que la Iglesia tardará mucho tiempo en erradicar.

En torno al siglo XII la cruz pierde su carácter peyorativo como instrumento de martirio de Cristo y empieza a convertirse en icono de la piedad cristiana, sustituyendo al pez y al cordero que eran los símbolos altomedievales. Aparece el culto mariano traducido en la fundación de múltiples santuarios dedicados a la Virgen, intercesora entre Dios y el hombre en aquellos asuntos en los que los santos habían fracasado. También se estimula la hagiografía. Los santos, que en los comienzos del cristianismo habían sido proclamados por tradición popular, como mediadores entre Dios y los hombres, a partir de ahora son nominados por la Iglesia, que exige contar en el expediente de canonización de una relación de los milagros efectuados por el posible santo, son los llamados capitula miraculorum.

La imaginación popular los dota de poderes sobrenaturales y así surgen los "santos sanadores", cada uno de ellos especializado en la curación de una enfermedad determinada, por ejemplo, de los cólicos y de los dolores de muelas se ocupaba San Agapito, la epilepsia se encomendaba a San Juan, el raquitismo a San Fermín o a San Macario. Durante la Gran Peste se hicieron rogativas y sacrificios a San Roque, lo que no frenó la mortandad. Estos santos, capaces de realizar el milagro de restablecer la salud, podían de la misma manera quitarla como castigo por un pecado cometido o por una promesa incumplida, así se creía que San Lorenzo, igual que curaba los eczemas podía provocarlos; San Benito haría lo propio con la litiasis[1] y de la erisipela de encargaba San Silvano. La práctica de la medicina se puso bajo la advocación de dos santos de origen sirio: Cosme y Damián, como lo estuvo la griega bajo la de Asclepio o Esculapio, al que se erigieron santuarios en Atenas, Epidauro, Pérgamo, etc. Cada ciudad tenía su santo protector e incluso los gremios se buscaron un valedor celestial: los carpinteros San José, Santa Catalina los carreteros... Los ex-votos que todavía en la actualidad se exhiben en algunos santuarios e iglesias, tienen sus orígenes en esta época.

[1] Cálculos biliares y renales