La falta de higiene predisponía a la enfermedad. Los antiguos baños públicos romanos habían desaparecido por oposición eclesiástica, que aducía razones de moralidad (solo recomendaba baños a los enfermos). Existían unos lugares a los que se llamaba baños públicos, pero eran una especie de burdeles, no demasiado encubiertos. Vivir en la ciudad significa una convivencia más estrecha, con mayor densidad de población y, además, el ámbito urbano genera unos espacios distintos a los del campo con sus plazas, iglesias, tabernas..., todo ello conlleva un contacto mayor, los ciudadanos coinciden en el mercado, el horno, el lavadero público, y hace que las enfermedades se propaguen con más rapidez y afecten a más personas que en el medio rural. Durante estas centurias los pozos se contaminaban con frecuencia, pero se seguían utilizando. Se vivía entre excrementos, el agua sucia corría por la anarquía de calles pobladas de ratas, las letrinas eran comunes, la basura se acumulaba en improvisados vertederos, los animales domésticos vivían junto a los hombres ya que se utilizaban como foco de calor durante el invierno... Todo eso convertía a la ciudad en el caldo de cultivo ideal para la gestación y propagación de todo tipo de enfermedades.

Pero la sociedad medieval marginó a muchos más colectivos: a la mujer, al anciano y al niño por considerarlos inferiores en su debilidad, al peregrino, al vagabundo, al buhonero y al juglar, por carecer de un hogar reconocido y de unos vecinos que pudieran salir valedores de su solvencia moral, dentro de esa forma obsesiva de entender la religión, típica de la época. Algunos oficios, por ser considerados sucios o impuros y marginó también a todo lo que consideró distinto. El miedo a lo diferente, a aquello que puede romper la rutina de unas gentes ancladas en sus costumbres; la desconfianza ante lo desconocido y la ignorancia en la que se hallaba sumida la sociedad, son los pilares en los que se sustentan los prejuicios que sirven de justificación a la marginalidad social durante la Edad Media.