Como consecuencia del miedo al contagio surgió, casi al mismo tiempo en toda Europa, el movimiento de las Hermandades de Flagelantes, con el propósito de erradicar la enfermedad a través de la penitencia, ya que era considerada una plaga de origen divino. Bandas de cientos,

incluso miles de personas recorrían el continente cargados con cruces, orando y autoflagelándose con látigos de puntas metálicas. En su recorrido, propagaban la infección.  Los Flagelantes fueron rápidamente condenados por la Iglesia, debido a las duras críticas que dirigían a la forma de vida de la cúpula eclesiástica y combatidos incluso con la hoguera.

La teoría que culpaba a los judíos del envenenamiento del agua potable desencadenó una persecución que acabó en una masacre: en la ciudad suiza de Chillon en septiembre de 1348, y tras haber sido sometidos a tortura, los judíos "confesaron", lo que desencadenó la furia de las masas. Narra la Dra. Sutcliffe que en Basilea todos los judíos de la ciudad fueron encerrados en un edificio de madera y quemados vivos; 2.000 fueron asesinados en Estrasburgo; 12.000 en Maguncia, 600 en Bruselas; en julio de 1349, una multitud dirigida por los Flagelantes, realizó una atroz matanza en la judería de Frankfurt[1]...

Según las fuentes la peste tuvo su origen en la meseta de Asia central y fue llevada hasta la colonia genovesa de Caffa, en Crimea, por las hordas mongolas que la sitiaban. El khan ordenó catapultar los cadáveres infectados dentro de la ciudad, en una incipiente forma de guerra bactereológica. Marineros genoveses la llevarían hasta Italia desde se propagó rápidamente por toda Europa, alcanzando  Escandinavia en 1352, llevada por los mercaderes de la Hansa. Epidemias similares se repitieron en otras ocasiones durante el resto de la Edad Media: Italia la sufrió ocho veces más, once Inglaterra, tres Francia, también conocieron rebrotes Castilla y Cataluña, pero nunca de forma tan virulenta como en el siglo XIV.

La creencia de que la pandemia había sido un castigo divino por la relajación de la moral, hizo nacer en las masas un sentimiento colectivo de culpabilidad. Aparecen los Libros de Horas, que son consideraciones sobre la muerte, el juicio final y el infierno. Incluso la palabra "macabro" surge en esta época. Algo más tarde, pero con la misma base, nace el Arts moriendi, con sus alegorías sobre la muerte y el más allá y se pintan escenas de danzas macabras, en las que un esqueleto baila con representantes de todos los estamentos sociales y de todas las edades para, al final, erguirse victorioso sobre los danzantes. Simboliza el triunfo de la Muerte igualatoria  sobre la Humanidad, sin distinción de condición social ni de edad. La obsesión por la muerte parece un leit motiv para el hombre medieval. El final del siglo XII es la época en la que el historiador Le Goff sitúa la "invención" del Purgatorio, lugar intermedio entre el Cielo y el Infierno en el que el alma purga sus imperfecciones humanas, como esperanza de salvación para el hombre medio.

[1] Datos tomados de Historia de la medicina. J. Sutcliffe.