EL PRINCIPIO FÍSICO del horno microona es bastante sencillo. En el horno microonda un tubo electrónico, el así llamado magnetrón, genera un campo de fuerza alterno. Las móleculas dentro de la comida -sobretodo las móleculas de agua polarizadas, pero también los aminoácidos, lípidos y proteínas- son forzados a sí mismos a alinearse con el rápidamente cambiante campo eléctrico alterno. Estas móleculas oscilan alrededor de sus ejes en respuesta a la inversión del campo eléctrico que ocurre 5 mil millones de veces por segundo (cinco mil millones de veces por segundo).

Ésta oscilación crea una considerable fricción intermolecular que produce la generación de calor. Así la comida (los alimentos) es calentada (o cocinada) de adentro hacia afuera por las microondas. Esto es contrario al convencional calentamiento (o cocción) de la comida en la que el calor se trasfiere convencionalmente del exterior al interior. Para evitar la interferencia de las microondas, una frecuencia de 2450 MHz (2.45GHz), que equivale a una longitud de onda de aproximadamente 12 cm, que fue diseñada para el uso industrial y médico -esto incluye a los hornos microonda para el uso doméstico.

El fenómeno del calor friccional causado por las microondas se descubrió accidentalmente en 1946 (si acaso más recientemente) durante un experimento con un tubo de campo magnético. Uno de los investigadores, Percy Spencer, notó que un pedazo de chocalate que él había estado llevando en el bolsillo de su chaqueta se había derretido aún cuando él no había sido consciente de ningún calor. El descubrimiento activó el desarrollo de los aparatos para la cocina en los EE.UU utilizando éste efecto calorífico.

Ya en el 1952 un horno microonda , adaptado para el uso doméstico, fue colocado en el mercado norteamericano ´bajo la licencia de la Compañía Raytheon.