La sincronización tiene que ver con los momentos o tiempos en que los diferentes objetos del software aparecerán en la escena de manera ordenada y lógica. Esta puede ser:

1. Sincronización temporal. Cuando se trabaja con proyectos educativos/instruccionales, además de la disposición espacial de los diferentes medios que aparecen en una pantalla, también es necesario establecer la sincronización  temporal entre todos estos elementos, tanto los estáticos (textos e imágenes) como los dinámicos (sonido, video, animaciones).

En esta tabla se representa el momento de aparición de cada elemento interactivo de cada pantalla.

2. Sincronización jerárquica. Se utilizan especificaciones en forma de árbol. Con esta técnica se especifica, mediante nodos  "=", qué elementos serán presentados simultáneamente, y con nodos  "-", los que se presentarán secuencialmente (la secuencia de aparición se indica de izquierda a derecha en el árbol). Los nodos representan los medios e incluyen su duración temporal.