La FAT, o "File Allocation Table", es la tabla de asignación de los archivos. En conjunción con el directorio, atribuye la cantidad necesaria de clusters a cada archivo, en el orden de disponibilidad.

Un cluster, que se puede traducir como bloque, o grupo (de sectores), es la unidad lógica de capacidad de un disco, así como el sector es la unidad física. Un cluster agrupa uno o varios sectores, según el tipo de disco y de DOS.

Por otra parte, esto explica parcialmente algunas incompatibilidades. Por ejemplo, el DOS 3.3 daba formato al disco rígido con un número de sectores por cluster diferente del de las versiones precedentes.

La FAT viene inmediatamente después del sector de inicio del disco. A continuación se encuentra el directorio raíz, luego los archivos. En la práctica, la FAT tiene un duplicado por razones de seguridad. Sin embargo, el DOS no recurre a la copia.

Los clusters pueden estar numerados en 3 o 4 dígitos hexadecimales (es decir, 12 o 16 bits), según la versión del DOS. Los DOS anteriores al 3.xx recurrían a una numeración en 3 dígitos; a partir del 3.xx, se pasó a 4 dígitos (16 bits).

Las posiciones 0 y 1 de la FAT, es decir, los dos primeros clusters, no se utilizan para numerar los clusters.

Observe que los eventuales sectores defectuosos que se encuentran en un disco se marcan como tales y se registran en la FAT al formatear, lo que permitirá excluirlos de toda actividad.

El primer número del cluster ocupado por un archivo específico se encuentra en la entrada de este archivo, en el directorio. Este número sirve de entrada a la FAT. A partir de allí, esta tabla proporciona, por encadenamiento, todos los números de los otros clusters utilizados por ese mismo archivo, hasta el FFF, o FFFF final.

En relación a esto, no olvide que los archivos son objetos móviles: se los escribe, se los borra, se los alarga o se los acorta a gusto. Por lo tanto no podrán ocupar lugares rigurosos y fijos en el disco.

Según los programas de análisis del disco rígido, el final del archivo puede estar marcado por  las siglas:

FDF, por "Fin de Fichero" (fin de archivo en francés).

EOF, por "End of File" (fin de archivo en inglés).

O por cualquier otra marca.